HealthOmics Ready2Run-Workflows mithilfe der API starten - AWS HealthOmics

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HealthOmics Ready2Run-Workflows mithilfe der API starten

Die meisten API-Operationen verhalten sich bei Ready2Run-Workflows und privaten Workflows ähnlich.

Um eine Liste der verfügbaren Ready2Run-Workflows zurückzugeben, verwenden Sie list-workflows, wobei der Parameter auf RUN gesetzt ist. type READY2

aws omics list-workflows --type READY2RUN

Nachdem Sie anhand der Antwort auf die Liste der Workflows den auszuführenden Workflow identifiziert haben, können Sie get-workflow mit dem Parameter verwenden, um weitere Details abzurufen. --id

aws omics get-workflow --type READY2RUN --id workflow id

Um einen Ready2Run-Workflow auszuführen, können Sie den API-Vorgang start-run verwenden, wobei der Parameter workflow-type auf gesetzt ist, wie im folgenden Beispiel gezeigt READY2RUN

aws-omics start-run \ --workflow-type READY2RUN \ --workflow-id workflow id \ --output-uri &example-s3-bucket; \ --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \ --parameters file:///path/to/parameters.json

Um eine Workflow-Version anzugeben, verwenden Sie den Parameter workflow-version, wie in diesem Beispiel gezeigt.

aws-omics start-run \ --workflow-type READY2RUN \ ... --version-name '3.0.0'

Um Ihren Lauf zu überwachen, können Sie den API-Vorgang get-run verwenden, wie in der Abbildung gezeigt.

aws-omics get-run \ --id run id