Referenzieren von Genomdateien aus einer Workflow-Definition - AWS HealthOmics

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Referenzieren von Genomdateien aus einer Workflow-Definition

Auf ein HealthOmics Referenzspeicherobjekt kann mit einem URI wie dem folgenden verwiesen werden. Verwenden Sie Ihre eigenenaccount ID,reference store ID, und reference ID wo angegeben.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id

Für einige Workflows sind SOURCE sowohl die als auch die INDEX Dateien für das Referenzgenom erforderlich. Der vorherige URI ist die Standardkurzform und wird standardmäßig auf die SOURCE-Datei gesetzt. Um eine der beiden Dateien anzugeben, können Sie die lange URI-Form wie folgt verwenden.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

Die Verwendung eines Sequence-Readesets hätte ein ähnliches Muster, wie hier gezeigt.

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json

Einige Lesesätze, z. B. solche, die auf FASTQ basieren, können gepaarte Lesesätze enthalten. In den folgenden Beispielen werden sie als SOURCE1 und SOURCE2 bezeichnet. Formate wie BAM und CRAM enthalten nur eine SOURCE1 Datei. Einige Lesesätze enthalten INDEX-Dateien wie bai ODER-Dateien. crai Der vorhergehende URI ist die Standardkurzform und verwendet standardmäßig die SOURCE1 Datei. Um die genaue Datei oder den Index anzugeben, können Sie die lange URI-Form wie folgt verwenden.

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

Im Folgenden finden Sie ein Beispiel für eine JSON-Eingabedatei, die zwei Omics Storage URIs verwendet.

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}

Verweisen Sie auf die JSON-Eingabedatei in, AWS CLI indem Sie sie --inputs file://<input_file.json> zu Ihrer Start-Run-Anforderung hinzufügen.