Erste Schritte mit HealthOmics

Stellen Sie zunächst sicher HealthOmics, dass Sie Ihre IAM-Berechtigungen und -Rollen für HealthOmics ordnungsgemäß eingerichtet haben.

Verwenden eines Ready2Run-Workflows in der Konsole HealthOmics

Die folgende Übung zeigt, wie Sie einen Ready2Run-Workflow verwenden. Ein Ready2Run-Workflow ist mit den Parametern und Toolreferenzen vorkonfiguriert, die Sie zur Ausführung des Workflows benötigen. Der Workflow-Herausgeber stellt Beispieldaten bereit, sodass Sie keine eigenen Daten erstellen müssen.

1. Öffnen Sie die HealthOmics -Konsole.

2. Wählen Sie oben links den Navigationsbereich (>) und wählen Sie Ready2Run-Workflows aus.

3. Wählen Sie auf der Seite Ready2Run-Workflows den Workflow aus. ESMFold for up to 800 residues Die Konsole öffnet die Detailseite für diesen Workflow.

4. Die Registerkarte „Details“ enthält Informationen zum Workflow. Um den Workflow auszuprobieren, wählen Sie oben rechts auf der Seite Start run aus.

5. Geben Sie auf der Seite „Ausführungsdetails angeben“ einen Namen für die Ausführung ein.

6. Geben Sie einen Amazon S3 S3-Speicherort für die Run-Ausgabe ein oder wählen Sie ihn aus.

7. Wählen Sie für den Aufbewahrungsmodus für Run-Metadaten aus, ob Runmeta-Daten beibehalten oder entfernt werden sollen.

8. Wählen Sie im Bereich „Servicerolle“ die Option Neue Servicerolle erstellen und verwenden aus.

9. Wählen Sie Weiter aus.

10. Wählen Sie auf der Seite Parameterwerte hinzufügen die Option Workflow mit Ready2Run-Testdaten ausführen aus.

11. Wählen Sie Weiter aus.

12. Überprüfen Sie Ihre Eingaben und wählen Sie dann Start run aus.

Beispielaufforderungen für Amazon Q CLI

Amazon Q CLI kann genomische Workflows und Analyseaufgaben AWS HealthOmics mithilfe von Befehlen in natürlicher Sprache ausführen. Die folgenden Beispielaufforderungen ermöglichen es Ihnen, Workflows zu erstellen, Läufe zu verwalten und genomische Daten zu analysieren. Weitere Informationen und Beispielaufforderungen dazu finden Sie im Agentic HealthOmics Generative HealthOmics AI-Tutorial unter. GitHub

• „Erstellen Sie eine WDL 1.1-Workflow-Datei, auf der main.wdl diese ausgeführt werden soll. HealthOmics Der Workflow verwendet ein Referenzgenom als Eingabe und Paare von Fastq-Dateien. Es indexiert das Referenzgenom mithilfe von BWA und ordnet dann jedes Paar von Fastq-Dateien der Referenz zu. Schließlich werden alle gemappten BAMs zu einer einzigen BAM-Datei zusammengeführt und diese Datei und ihr BAI-Index ausgegeben.“

• „Den Workflow verpacken und erstellen in HealthOmics“

• „Aktualisieren Sie die Datei inputs.json, um echte Dateien aus meinem Amazon S3 S3-Bucket zu verwendenomics-my-bucket-with-genome-data" (Geben Sie einen bestimmten Amazon S3 S3-Bucket-Speicherort an, oder lassen Sie Amazon Q die Suche durchführen)

• „Finden Sie geeignete Container in meinen Amazon ECR-Repositorys und aktualisieren Sie inputs.json, um diese zu verwenden“

• „Suchen oder erstellen Sie eine geeignete IAM-Rolle, die Sie bei der Ausführung des Workflows verwenden können“

• „Einen Run-Cache für meinen Workflow erstellen“

• „Führen Sie den Workflow aus in HealthOmics“

• „Überprüfen Sie den Status des Laufs“

Warnung

Wenn Sie mit Amazon Q CLI arbeiten, überprüfen Sie alle generierten Inhalte und vorgeschlagenen Maßnahmen, bevor Sie fortfahren. Geben Sie Feedback, um die Antwortqualität zu verbessern und die Anforderungen Ihres Workflows zu erfüllen. Weitere Informationen finden Sie unter Sicherheitsüberlegungen und bewährte Methoden für Amazon Q.