Exportieren von HealthOmics Lesesätzen in einen Amazon S3 S3-Bucket

Sie können Lesesätze als Batch-Exportjob in einen Amazon S3 S3-Bucket exportieren. Erstellen Sie dazu zunächst eine IAM-Richtlinie, die Schreibzugriff auf den Bucket hat, ähnlich dem folgenden Beispiel für eine IAM-Richtlinie.

JSON

{
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}                    

JSON

{
"Version": "2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}                  

Sobald die IAM-Richtlinie eingerichtet ist, beginnen Sie mit dem Exportauftrag für Lesesätze. Das folgende Beispiel zeigt Ihnen, wie Sie dies mithilfe der API-Operation start-read-set-export-job tun können. Ersetzen Sie im folgenden Beispiel alle Parameter wiesequence store ID, destination role ARNsources, und durch Ihre Eingabe.

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2                    

Sie erhalten die folgende Antwort mit Informationen zum Ursprungssequenzspeicher und zum Amazon S3-Ziel-Bucket.

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}                    

Nach dem Start des Jobs können Sie seinen Status mithilfe der API-Operation get-read-set-export-job ermitteln, wie im Folgenden dargestellt. Ersetzen Sie das sequence store ID und job ID durch Ihre Sequenzspeicher-ID bzw. Ihre Job-ID.

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

Sie können alle Exportaufträge anzeigen, die für einen Sequenzspeicher initialisiert wurden, indem Sie den API-Vorgang list-read-set-export-jobs verwenden, wie im Folgenden gezeigt. Ersetzen Sie das sequence store ID durch Ihre Sequenzspeicher-ID.

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.

{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}        

Sie können Ihre Lesesätze nicht nur exportieren, sondern sie auch über den Amazon S3 S3-Zugriff teilen URIs. Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Zugreifen auf HealthOmics Lesesätze mit Amazon S3 URIs.