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Inhalt eines Run-Caches
HealthOmics organisiert Ihren Run-Cache mit der folgenden Struktur in Ihrem S3-Bucket:
s3://{cache.S3location}/{cache.uuid}/runID/taskID/{cacheentry.uuid}/
Die cache.uuid ist die weltweit eindeutige ID für den Cache. Die cacheentry.uuid ist die weltweit eindeutige UUID für eine zwischengespeicherte Aufgabe. HealthOmics weist die UUIDs Caches und Aufgaben zu.
Für alle Workflow-Engines enthält der Cache die folgenden Dateien:
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Die {cacheentryuuid}.json Datei — HealthOmics erstellt diese Manifestdatei, die Informationen über den Cache enthält, einschließlich einer Liste aller Elemente im Cache und der Cache-Version.
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Task-Ausgabedateien — Jede Task-Ausgabe besteht aus einer oder mehreren Dateien, wie von der Aufgabe definiert.
Für einen Workflow, der Nextflow verwendet, erstellt die Nextflow-Engine diese zusätzlichen Dateien im Cache:
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Die command.out Datei — Diese Datei enthält den Standardinhalt zur Aufgabenausführung.
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Die .exitcode Datei — Diese Datei enthält den Exit-Code der Aufgabe (eine Ganzzahl).
Anmerkung
Wenn Sie zur erweiterten Problembehandlung auf zwischengeschaltete Aufgabendateien in Ihrem Run-Cache zugreifen möchten, deklarieren Sie diese Dateien in der Workflow-Definition als Aufgabenausgaben.
