Versionsunterstützung für HealthOmics Workflow-Definitionssprachen - AWS HealthOmics
Unterstützung für WDL-VersionenUnterstützung für CWL-VersionenUnterstützung für die Nextflow-Version

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Versionsunterstützung für HealthOmics Workflow-Definitionssprachen

HealthOmics unterstützt Workflow-Definitionsdateien, die in Nextflow, WDL oder CWL geschrieben wurden. Die folgenden Abschnitte enthalten Informationen zur HealthOmics Versionsunterstützung für diese Sprachen.

Unterstützung für WDL-Versionen

HealthOmics unterstützt die Versionen 1.0, 1.1 und die Entwicklungsversion der WDL-Spezifikation.

Jedes WDL-Dokument muss eine Versionsanweisung enthalten, aus der hervorgeht, welcher Version (Haupt- und Nebenversion) der Spezifikation es entspricht. Weitere Informationen zu Versionen finden Sie unter WDL-Versionierung

Die Versionen 1.0 und 1.1 der WDL-Spezifikation unterstützen den Typ nicht. Directory Um den Directory Typ für Eingaben oder Ausgaben zu verwenden, setzen Sie die Version development in der ersten Zeile der Datei auf:

version development  # first line of .wdl file
     ... remainder of the file ...

Unterstützung für CWL-Versionen

HealthOmics unterstützt die Versionen 1.0, 1.1 und 1.2 der CWL-Sprache.

Sie können die Sprachversion in der CWL-Workflow-Definitionsdatei angeben. Weitere Informationen zu CWL finden Sie im CWL-Benutzerhandbuch

Unterstützung für die Nextflow-Version

HealthOmics unterstützt drei stabile Versionen von Nextflow. Nextflow veröffentlicht in der Regel alle sechs Monate eine stabile Version. HealthOmics unterstützt die monatlichen „Edge“ -Veröffentlichungen nicht.

HealthOmics unterstützt in jeder Version veröffentlichte Funktionen, jedoch keine Vorschaufunktionen.

Unterstützte Versionen

HealthOmics unterstützt die folgenden Nextflow-Versionen:

  • Nextflow v22.04.01 DSL 1 und DSL 2

  • Nextflow v23.10.0 DSL 2 (Standard)

  • Nextflow v24.10.8 DSL 2

Folgen Sie der Nextflow-Upgrade-Anleitung, um Ihren Workflow auf die neueste unterstützte Version (v24.10.8) zu migrieren.

Bei der Migration von Nextflow v23 zu v24 gibt es einige wichtige Änderungen, wie in den folgenden Abschnitten des Nextflow-Migrationsleitfadens beschrieben:

Nextflow-Versionen erkennen und verarbeiten

HealthOmics erkennt die von Ihnen angegebene DSL-Version und die Nextflow-Version. Basierend auf diesen Eingaben wird automatisch die beste Nextflow-Version ermittelt, die am besten ausgeführt werden kann.

DSL-Version

HealthOmics erkennt die angeforderte DSL-Version in Ihrer Workflow-Definitionsdatei. Sie können beispielsweise Folgendes angeben:nextflow.enable.dsl=2.

HealthOmics unterstützt standardmäßig DSL 2. Es bietet Abwärtskompatibilität mit DSL 1, sofern dies in Ihrer Workflow-Definitionsdatei angegeben ist.

Nextflow-Versionen

HealthOmics erkennt die angeforderte Nextflow-Version in der Nextflow-Konfigurationsdatei (nextflow.config), wenn Sie diese Datei angeben. Wir empfehlen, dass Sie die nextflowVersion Klausel am Ende der Datei hinzufügen, um unerwartete Überschreibungen durch die enthaltenen Konfigurationen zu vermeiden. Weitere Informationen finden Sie unter Nextflow-Konfiguration.

Sie können eine Nextflow-Version oder einen Versionsbereich mit der folgenden Syntax angeben:

   // exact match
   manifest.nextflowVersion = '1.2.3'   
            
   // 1.2 or later (excluding 2 and later)
   manifest.nextflowVersion = '1.2+'         
            
   // 1.2 or later
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2'
            
   // any version in the range 1.2 to 1.5
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2, <=1.5' 
            
   // use the "!" prefix to stop execution if the current version 
   // doesn't match the required version.
   manifest.nextflowVersion = '!>=1.2'

HealthOmics verarbeitet die Nextflow-Versionsinformationen wie folgt:

  • Wenn Sie = eine genaue Version angeben, die HealthOmics unterstützt, HealthOmics verwendet diese Version.

  • Wenn Sie ! eine exakte Version oder einen Bereich von Versionen angeben, die nicht unterstützt werden, HealthOmics löst dies eine Ausnahme aus und die Ausführung schlägt fehl. Erwägen Sie die Verwendung dieser Option, wenn Sie bei Versionsanfragen strikt vorgehen und schnell scheitern möchten, wenn die Anfrage Versionen enthält, die nicht unterstützt werden.

  • Wenn Sie einen Versionsbereich angeben, wird die neueste unterstützte Version in diesem Bereich HealthOmics verwendet, es sei denn, der Bereich umfasst v24.10.8. In diesem Fall wird einer früheren HealthOmics Version der Vorzug gegeben. Wenn der Bereich beispielsweise sowohl v23.10.0 als auch v24.10.8 abdeckt, wählen Sie v23.10.0. HealthOmics

  • Wenn es keine angeforderte Version gibt oder wenn die angeforderten Versionen nicht gültig sind oder aus irgendeinem Grund nicht analysiert werden können:

    • Wenn Sie DSL 1 angegeben haben, HealthOmics wird Nextflow v22.04 ausgeführt.

    • Andernfalls wird Nextflow v23.10.0 ausgeführt HealthOmics .

Sie können die folgenden Informationen über die Nextflow-Version abrufen, die für jeden Lauf HealthOmics verwendet wurde:

  • Die Run-Logs enthalten Informationen über die tatsächliche Nextflow-Version, die für den Lauf HealthOmics verwendet wurde.

  • HealthOmics fügt Warnungen in die Run-Logs ein, wenn es keine direkte Übereinstimmung mit der von Ihnen angeforderten Version gibt oder wenn eine andere Version als die von Ihnen angegebene verwendet werden musste.

  • Die Antwort auf den GetRun API-Vorgang enthält ein Feld (engineVersion) mit der tatsächlichen Nextflow-Version, die für den Lauf HealthOmics verwendet wurde. Zum Beispiel:

    "engineVersion":"22.04.0"