Der Arbeitsablauf blinkt ein HealthOmics - AWS HealthOmics

Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich.

Der Arbeitsablauf blinkt ein HealthOmics

Nachdem Sie einen Workflow erstellt haben, empfehlen wir, dass Sie einen Linter für den Workflow ausführen, bevor Sie mit der ersten Ausführung beginnen. Der Linter erkennt Fehler, die dazu führen können, dass der Lauf fehlschlägt.

Bei WDL HealthOmics wird automatisch ein Linter ausgeführt, wenn Sie den Workflow erstellen. Die Linterausgabe ist im statusMessage Feld der Antwort verfügbar. get-workflow Verwenden Sie den folgenden CLI-Befehl, um die Statusausgabe abzurufen (verwenden Sie die Workflow-ID des WDL-Workflows, den Sie erstellt haben): 

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage'

HealthOmics stellt Links bereit, die Sie auf der Workflow-Definition ausführen können, bevor Sie den Workflow erstellen. Führen Sie diese Linter auf vorhandenen Pipelines aus, zu denen Sie migrieren. HealthOmics

  • WDL— Ein öffentliches Amazon ECR-Image zum Ausführen eines WDL-Linters.

  • Nextflow— Ein öffentliches Amazon ECR-Image zur Ausführung von Linter-Regeln für Nextflow. Sie können auf den Quellcode für diesen Linter von zugreifen. GitHub

  • CWL— nicht verfügbar