Verfügbare Ready2Run-Workflows in HealthOmics - AWS HealthOmics

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Verfügbare Ready2Run-Workflows in HealthOmics

In der folgenden Tabelle sind die Ready2Run-Workflows aufgeführt, die in verfügbar sind. HealthOmics

Sie können sich bei der HealthOmicsKonsole anmelden, um detaillierte Informationen zu diesen Workflows, einschließlich Eingabeparametern und Workflow-Diagrammen, einzusehen. Preisinformationen zu Ready2Run-Workflows finden Sie unter HealthOmics Preise.

Anmerkung

Jeder Ready2Run-Workflow hat eine maximale Eingabedateigröße. Diese maximalen Dateigrößen sind nicht einstellbar.

Workflow-Name Publisher Abonnement erforderlich? Maximale Größe der Eingabedatei (GiB) Geschätzte Laufzeit (HH:MM)
AlphaFold für 601-1200 Reste Google DeepMind Nein 1 11:15
AlphaFold für bis zu 600 Reste Google DeepMind Nein 1 7:30
Bases2Fastq für 2x150 Element Biowissenschaften Nein 1000 1:45
Bases2Fastq für 2x300 Element Biowissenschaften Nein 1000 1:30
Bases2Fastq für 2x75 Element Biowissenschaften Nein 500 0:45
ESMFold für bis zu 800 Rückstände Meta-Forschung Nein 1 0:15
GATK-BP fq2bam Breites Institut Nein 64 10:10
GATK-BP-Keimbahn bam2vcf für das 30-fache Genom Breites Institut Nein 39 2:45
GATK-BP-Keimbahn fq2vcf für das 30-fache Genom Breites Institut Nein 64 12:30
GATK-BP Somatisches WES bam2vcf Breites Institut Nein 86 1:30
NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS für bis zu 30X NVIDIA Corporation Nein 80 1:39
NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS für bis zu 50X NVIDIA Corporation Nein 120 2:45
NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS für bis zu 5X NVIDIA Corporation Nein 20 0:18
NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS für bis zu 30X NVIDIA Corporation Nein 71 1:00
NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS für bis zu 50X NVIDIA Corporation Nein 137 1:45
NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS für bis zu 5X NVIDIA Corporation Nein 13 0:15
NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS für bis zu 30X NVIDIA Corporation Nein 71 2:00
NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS für bis zu 50X NVIDIA Corporation Nein 137 3:30
NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS für bis zu 5X NVIDIA Corporation Nein 12 0:30
NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS für bis zu 30X NVIDIA Corporation Nein 71 1:15
NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS für bis zu 50X NVIDIA Corporation Nein 137 2:00
NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS für bis zu 5X NVIDIA Corporation Nein 13 0:15
NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS für bis zu 50X NVIDIA Corporation Nein 196 0:45
sc RNAseq mit Kallisto BUStools NF-Kern Nein 119 1:30
Sc RNAseq mit Lachs in Alevin-Fry NF-Kern Nein 119 2:30
sc RNAseq mit STARsolo NF-Kern Nein 119 2:30
Sention Germline BAM WES für bis zu 300x Sentieon, Inc. Ja 9 1:00
Sentieon Germline BAM WGS für bis zu 32x Sentieon, Inc. Ja 18 1:30
Sention Germline FASTQ WES für bis zu 100x Sentieon, Inc. Ja 5 0:45
Sention Germline FASTQ WES für bis zu 300x Sentieon, Inc. Ja 26 2:00
Sentieon Germline FASTQ WGS für bis zu 32x Sentieon, Inc. Ja 51 3:30
Sention für ONT LongRead Sentieon, Inc. Ja 25 1:30
Sention LongRead für PacBio HiFi Sentieon, Inc. Ja 58 4:00
Sentieon Somatic WES Sentieon, Inc. Ja 50 2:30
Sention Somatic WGS Sentieon, Inc. Ja 113 4:30
Ultima Genomics DeepVariant für bis zu 40x Ultima Genomics Nein 91 1:55

Wenn Sie einen Ready2Run-Workflow verwenden, ist Ihr Workflow vorkonfiguriert und kann nicht bearbeitet werden. Im Gegensatz zu privaten Workflows unterstützen Ready2Run-Workflows Folgendes nicht:

  • Erhöhung der maximalen Größe der Eingabedatei

  • Änderung der Rechenressourcen oder des Laufspeichers

  • Änderung der Workflow-Definition oder der Container

  • Hinzufügen von Läufen zu einer Ausführungsgruppe

  • Den Workflow teilen

Wenn der Herausgeber den Ready2Run-Workflow freigegeben hat GitHub, können Sie Ihren eigenen privaten Workflow auf der Grundlage des Ready2Run-Workflows erstellen. Die folgende Tabelle enthält Links zu GitHub Workflows für jeden Herausgeber.

Publisher Workflows auf GitHub
Google DeepMind, Metarecherche Arbeitsabläufe zur Proteinfaltung
Element-Biowissenschaften Für Informationen wenden Sie sich bitte an Element Biosciences
Breites Institut GATK-Workflows
NVIDIA Corporation Arbeitsabläufe bei Parabricks
NF-Kern NF-Core-Workflows
Empfindung Arbeitsabläufe bei Sentieon
Ultima Genomik Arbeitsabläufe bei Ultima Genomics