HealthOmics Ausgaben ausführen

Wenn ein WDL- oder CWL-Lauf abgeschlossen ist, enthalten die Ausgaben eine Ausgabeübersichtsdatei (im JSON-Format), in der alle durch den Lauf erzeugten Ausgaben aufgeführt sind. Sie können die Ausgabe-Zusammenfassungsdatei für folgende Zwecke verwenden:

• Ermitteln Sie programmgesteuert die Ausgabedateien, die durch den Lauf generiert wurden.

• Stellen Sie sicher, dass der Lauf alle erwarteten Ausgaben erzeugt hat.

Führen Sie die Ausgabezusammenfassung für WDL aus

Wenn ein WDL-Lauf abgeschlossen ist, HealthOmics wird eine Ausgabezusammenfassungsdatei mit dem Namen erstellt. output.json

Für jede Ausgabe des Workflows gibt es ein entsprechendes key/value Paar in der Datei. Der Schlüssel enthält den Workflow-Namen und den Ausgabenamen im folgenden Format:WorkflowName.output_name. Bei einer Dateiausgabe ist der Wert ein S3-URI, der auf den Ausgabeort in S3 verweist, an dem die Datei gespeichert ist. Bei einer Array [File] -Ausgabe ist der Wert ein Array von S3 URIs.

Das folgende Beispiel zeigt die output.json Datei für einen Workflow mit dem NamenBWAMappingWorkflow.

{
  "BWAMappingWorkflow.bam_indexes": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam.bai",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam.bai"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.mapping_stats": "s3://omics-outputs/8886192/out/mapping_stats/genome_mapping_final_stats.txt",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam/genome_mapping.merged.bam",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam_index": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam_index/genome_mapping.merged.bam.bai",
  "BWAMappingWorkflow.reference_index_tar": "s3://omics-outputs/8886192/out/reference_index_tar/reference_index.tar",
  "BWAMappingWorkflow.sorted_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.unmapped_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.unmapped.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.unmapped.bam"
  ]
}   

Wenn der Workflow Ausgaben erzeugt, die keine Dateitypen haben (wie String, Int, Float oder Bool), ist der Feldwert ein JSON-Primitiv. Zum Beispiel:

{
  "MyWorkflow.my_int_ouput": 1,
  "MyWorkflow.my_bool_output": false,
    ...
}   

Führen Sie die Ausgabezusammenfassung für CWL aus

Wenn ein CWL-Lauf abgeschlossen ist, HealthOmics wird eine Ausgabezusammenfassungsdatei mit dem folgenden Namen outputs.json erstellt:

{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/logs/outputs.json

Die Ausgabe-Zusammenfassungsdatei enthält eine Liste von Ausgaben. Jede Ausgabe ist ein key/value Paar, wobei der Schlüssel der Name der Ausgabe ist. Der Wert ist ein Objekt, das die folgenden Eigenschaften enthält:

• location — Der vollqualifizierte Pfad zur Ausgabedatei

• basename — Der Dateiname-Teil des Pfads

• class — Der Typ der Ausgabe, normalerweise Datei

• Größe — Die Größe der Datei in Byte

Im folgenden Beispiel enthält die Datei output.json eine Liste mit zwei Ausgabedateien.

{
  "example_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/output.txt",
    "basename": "output.txt",
    "class": "File",
    "size": 13
  },
  "another_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/metrics.json",
    "basename": "metrics.json",
    "class": "File",
    "size": 256
  }
}