Iniciar los flujos de trabajo de HealthOmics Ready2Run mediante la API

La mayoría de las operaciones de la API se comportan de forma similar para los flujos de trabajo de Ready2Run y los flujos de trabajo privados.

Para obtener una lista de los flujos de trabajo de Ready2Run disponibles, utilice list-workflows con el parámetro establecido en RUN. type READY2

aws omics list-workflows --type READY2RUN                            

Tras identificar el flujo de trabajo que se va a ejecutar a partir de la respuesta list-workflows, puede usar get-workflow con el parámetro para obtener más detalles. --id

aws omics get-workflow --type READY2RUN --id workflow id    

Para ejecutar un flujo de trabajo Ready2Run, puedes usar la operación API de inicio y ejecución con el parámetro de tipo de flujo de trabajo establecido en, como se muestra en el siguiente ejemplo READY2RUN

aws-omics start-run \
  --workflow-type READY2RUN \
  --workflow-id workflow id \
  --output-uri &example-s3-bucket; \
  --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
  --parameters file:///path/to/parameters.json

Para especificar una versión del flujo de trabajo, utilice el parámetro workflow-version, como se muestra en este ejemplo.

aws-omics start-run \
  --workflow-type READY2RUN \ 
  ...
  --version-name '3.0.0'

Para supervisar tu ejecución, puedes usar la operación de API get-run, como se muestra.

aws-omics get-run \
  --id run id