Contenido de una caché de ejecución

HealthOmics organiza la caché de carreras con la siguiente estructura en el bucket de S3:

s3://{cache.S3location}/{cache.uuid}/runID/taskID/{cacheentry.uuid}/

El cache.uuid es el identificador único global de la caché. El cacheentry.uuid es el uuid único a nivel mundial para una tarea en caché. HealthOmics asigna los uuids a las cachés y a las tareas.

Para todos los motores de flujo de trabajo, la caché contiene los siguientes archivos:

• El {cacheentryuuid}.json archivo: HealthOmics crea este archivo de manifiesto, que contiene información sobre la caché, incluida una lista de todos los elementos de la caché y la versión de la caché.

• Archivos de salida de la tarea: cada resultado de la tarea consta de uno o más archivos, según lo defina la tarea.

Para un flujo de trabajo que usa Nextflow, el motor de Nextflow crea estos archivos adicionales en la memoria caché:

• El command.out archivo: este archivo contiene el contenido estándar de la ejecución de la tarea.

• El .exitcode archivo: este archivo contiene el código de salida de la tarea (un entero).

nota

Si desea acceder a los archivos de tareas intermedias de su caché de ejecución para solucionar problemas avanzados, declare estos archivos como resultados de tareas en la definición del flujo de trabajo.