Funciones de almacenamiento en caché específicas del motor

HealthOmics intenta proporcionar una implementación coherente del almacenamiento de llamadas en caché en todos los motores de flujo de trabajo. Existen algunas diferencias según la forma en que cada motor de flujo de trabajo gestiona casos específicos:

• Siguiente flujo

  • No se garantiza el almacenamiento en caché en diferentes versiones de Nextflow. Por ejemplo, si ejecuta una tarea en la versión 23.10.0 y, posteriormente, ejecuta la misma tarea en la versión 24.10.8, HealthOmics podría considerarse que la segunda ejecución es una falta de memoria caché.

  • Puedes desactivar el almacenamiento en caché para tareas individuales mediante la directiva de caché. false Para obtener información sobre esta directiva, consulte los procesos de la especificación Nextflow.

  • HealthOmics usa el modo indulgente de Nextflow, pero no admite el modo de almacenamiento en caché profundo.

  • El almacenamiento en caché evalúa cada objeto S3 individual si se utiliza un patrón global en la ruta S3 hacia las entradas de una tarea. Si añades un objeto nuevo, HealthOmics vuelve a calcular solo las tareas que utilizan el nuevo objeto.

  • HealthOmics no almacena en caché los reintentos de tareas. Este comportamiento es coherente con el comportamiento predeterminado de Nextflow.

• WDL

  • HealthOmics admite el nuevo tipo de «directorio» para las entradas cuando se utiliza la versión de desarrollo del flujo de trabajo de la WDL. Para el almacenamiento en caché de llamadas, si algún objeto del directorio cambia, HealthOmics vuelve a calcular todas las tareas que entran en el directorio.

  • HealthOmics admite el almacenamiento en caché a nivel de tarea, pero no el almacenamiento en caché a nivel de flujo de trabajo.

• CWL

  • Los resultados constantes de las tareas no se ven de forma explícita en los manifiestos. HealthOmics almacena en caché las salidas constantes como archivos intermedios.