Soporte de versiones para lenguajes de definición HealthOmics de flujos de trabajo

HealthOmics admite archivos de definición de flujos de trabajo escritos en Nextflow, WDL o CWL. En las siguientes secciones se proporciona información sobre la compatibilidad de las HealthOmics versiones con estos idiomas.

Compatibilidad con las versiones WDL

HealthOmics admite las versiones 1.0 y 1.1 y la versión de desarrollo de la especificación WDL.

Cada documento de la WDL debe incluir una declaración de versión para especificar la versión (principal y secundaria) de la especificación a la que se adhiere. Para obtener más información sobre las versiones, consulte Control de versiones de la WDL

Las versiones 1.0 y 1.1 de la especificación WDL no admiten este tipo. Directory Para usar el Directory tipo para entradas o salidas, defina la versión development en la primera línea del archivo:

version development  # first line of .wdl file
     ... remainder of the file ... 

Compatibilidad con la versión CWL

HealthOmics es compatible con las versiones 1.0, 1.1 y 1.2 del lenguaje CWL.

Puede especificar la versión de idioma en el archivo de definición del flujo de trabajo de CWL. Para obtener más información sobre CWL, consulte la guía del usuario de CWL

Compatibilidad con la versión de Nextflow

HealthOmics admite tres versiones estables de Nextflow. Nextflow suele lanzar una versión estable cada seis meses. HealthOmics no es compatible con las versiones «edge» mensuales.

HealthOmics admite las funciones publicadas en cada versión, pero no las funciones de vista previa.

Versiones compatibles

HealthOmics es compatible con las siguientes versiones de Nextflow:

• Nextflow v22.04.01 DSL 1 y DSL 2

• Nextflow v23.10.0 DSL 2 (predeterminado)

• Nextflow v24.10.8 DSL 2

Para migrar su flujo de trabajo a la última versión compatible (v24.10.8), siga la guía de actualización de Nextflow.

Hay algunos cambios importantes al migrar de la versión 23 a la 24 de Nextflow, tal y como se describe en las siguientes secciones de la guía de migración de Nextflow:

• Cambios importantes en la versión 24.04

• Cambios importantes en la versión 24.10

Detecta y procesa las versiones de Nextflow

HealthOmics detecta la versión de DSL y la versión de Nextflow que especifique. Determina automáticamente la mejor versión de Nextflow para ejecutar en función de estas entradas.

Versión DSL

HealthOmics detecta la versión DSL solicitada en el archivo de definición del flujo de trabajo. Por ejemplo, puede especificar:nextflow.enable.dsl=2.

HealthOmics es compatible con DSL 2 de forma predeterminada. Proporciona compatibilidad con versiones anteriores de DSL 1, si se especifica en el archivo de definición del flujo de trabajo.

• Si especifica DSL 2, HealthOmics ejecuta Nextflow v23.10.0, a menos que especifique Nextflow v22.04.0 o v24.10.8.

• Si especifica DSL 1, ejecuta Nextflow v22.04 (la única versión compatible que HealthOmics ejecuta DSL 1). DSL1

• Si no especificas una versión de DSL o si no HealthOmics puedes analizar la información de DSL por algún motivo (por ejemplo, por errores de sintaxis en el archivo de definición del flujo de trabajo), el HealthOmics valor predeterminado es DSL 2 y ejecuta Nextflow v23.10.0.

• Para actualizar su flujo de trabajo de DSL 1 a DSL 2 y aprovechar las últimas versiones y funciones del software de Nextflow, consulte Migración desde DSL 1.

Versiones de Nextflow

HealthOmics detecta la versión de Nextflow solicitada en el archivo de configuración de Nextflow (nextflow.config), si usted proporciona este archivo. Le recomendamos que añada la nextflowVersion cláusula al final del archivo para evitar anulaciones inesperadas de las configuraciones incluidas. Para obtener más información, consulte Configuración de Nextflow.

Puede especificar una versión o un rango de versiones de Nextflow mediante la siguiente sintaxis:

   // exact match
   manifest.nextflowVersion = '1.2.3'   
            
   // 1.2 or later (excluding 2 and later)
   manifest.nextflowVersion = '1.2+'         
            
   // 1.2 or later
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2'
            
   // any version in the range 1.2 to 1.5
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2, <=1.5' 
            
   // use the "!" prefix to stop execution if the current version 
   // doesn't match the required version.
   manifest.nextflowVersion = '!>=1.2'            

HealthOmics procesa la información de la versión de Nextflow de la siguiente manera:

• Si especifica una versión exacta que HealthOmics sea compatible, HealthOmics utilizará = esa versión.

• Si se utiliza ! para especificar una versión exacta o un rango de versiones que no son compatibles, se HealthOmics genera una excepción y no se ejecuta correctamente. Considere usar esta opción si quiere ser estricto con las solicitudes de versión y fallar rápidamente si la solicitud incluye versiones no compatibles.

• Si especifica un rango de versiones, HealthOmics usa la última versión compatible de ese rango, a menos que el rango incluya la versión 24.10.8. En este caso, HealthOmics da preferencia a una versión anterior. Por ejemplo, si el rango abarca tanto la versión 23.10.0 como la 24.10.8, elige la versión 23.10.0. HealthOmics

• Si no hay ninguna versión solicitada, o si las versiones solicitadas no son válidas o no se pueden analizar por algún motivo:

  • Si especificó DSL 1, HealthOmics ejecute Nextflow v22.04.

  • De lo contrario, ejecuta Nextflow v23.10.0 HealthOmics .

Puede recuperar la siguiente información sobre la versión de Nextflow que HealthOmics se utilizó en cada ejecución:

• Los registros de ejecución contienen información sobre la versión real de Nextflow que HealthOmics se utilizó para la ejecución.

• HealthOmics agrega advertencias en los registros de ejecución si no hay una coincidencia directa con la versión solicitada o si necesita usar una versión diferente a la que especificó.

• La respuesta a la operación de la GetRun API incluye un campo (engineVersion) con la versión real de Nextflow que HealthOmics se utilizó para la ejecución. Por ejemplo:

  "engineVersion":"22.04.0"