HealthOmics ejecutar salidas

Cuando se completa una ejecución de WDL o CWL, los resultados incluyen un archivo de resumen de resultados (en formato JSON) en el que se enumeran todos los resultados producidos por la ejecución. Puede utilizar el archivo de resumen de salida para los siguientes fines:

• Determine mediante programación los archivos de salida que generó la ejecución.

• Valide que la ejecución produjo todos los resultados esperados.

Ejecute el resumen de resultados para WDL

Cuando se completa una ejecución de WDL, HealthOmics crea un archivo de resumen de salida denominado. output.json

Para cada salida del flujo de trabajo, hay un key/value par correspondiente en el archivo. La clave contiene el nombre del flujo de trabajo y el nombre de la salida en el siguiente formato:WorkflowName.output_name. Para la salida de un archivo, el valor es un URI de S3 que apunta a la ubicación de salida en S3 donde se almacena el archivo. En el caso de una salida Array [File], el valor es una matriz de S3 URIs.

En el siguiente ejemplo, se muestra el output.json archivo de un flujo de trabajo denominadoBWAMappingWorkflow.

{
  "BWAMappingWorkflow.bam_indexes": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam.bai",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/bam_indexes/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam.bai"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.mapping_stats": "s3://omics-outputs/8886192/out/mapping_stats/genome_mapping_final_stats.txt",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam/genome_mapping.merged.bam",
  "BWAMappingWorkflow.merged_bam_index": "s3://omics-outputs/8886192/out/merged_bam_index/genome_mapping.merged.bam.bai",
  "BWAMappingWorkflow.reference_index_tar": "s3://omics-outputs/8886192/out/reference_index_tar/reference_index.tar",
  "BWAMappingWorkflow.sorted_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.sorted.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/sorted_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.sorted.bam"
  ],
  "BWAMappingWorkflow.unmapped_bams": [
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/0/pbmc8k_S1_L007_R1_001.unmapped.bam",
    "s3://omics-outputs/8886192/out/unmapped_bams/1/pbmc8k_S1_L008_R1_001.unmapped.bam"
  ]
}   

Si el flujo de trabajo produce salidas con tipos que no son de archivo (como String, Int, Float o Bool), el valor del campo es una primitiva de JSON. Por ejemplo:

{
  "MyWorkflow.my_int_ouput": 1,
  "MyWorkflow.my_bool_output": false,
    ...
}   

Ejecute el resumen de resultados para CWL

Cuando se completa una ejecución de CWL, HealthOmics crea un archivo de resumen de salida con el nombre de outputs.json la siguiente ubicación:

{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/logs/outputs.json

El archivo de resumen de resultados incluye una lista de resultados. Cada salida es un key/value par, donde la clave es el nombre de la salida. El valor es un objeto que incluye las siguientes propiedades:

• ubicación: la ruta completa al archivo de salida

• basename: la parte del nombre de archivo de la ruta

• class: el tipo de salida, que normalmente es Archivo

• tamaño: el tamaño del archivo en bytes

En el siguiente ejemplo, el archivo output.json tiene una lista de dos archivos de salida.

{
  "example_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/output.txt",
    "basename": "output.txt",
    "class": "File",
    "size": 13
  },
  "another_output": {
    "location": "{my-S3outputpath}/{runId}/{run-uuid}/out/metrics.json",
    "basename": "metrics.json",
    "class": "File",
    "size": 256
  }
}