Crear una versión de flujo de trabajo

Al crear una nueva versión de un flujo de trabajo, debe especificar los valores de configuración de la nueva versión. No hereda ningún valor de configuración del flujo de trabajo.

Al crear la versión, proporcione un nombre de versión que sea exclusivo para este flujo de trabajo. No puede cambiar el nombre después de HealthOmics crear la versión.

El nombre de la versión debe empezar por una letra o un número y puede incluir letras mayúsculas y minúsculas, números, guiones, puntos y guiones bajos. La longitud máxima es de 64 caracteres. Por ejemplo, puede usar un esquema de nomenclatura simple, como versión1, versión2 o versión3. También puede hacer coincidir las versiones de su flujo de trabajo con sus propias convenciones de control de versiones internas, como 2.7.0, 2.7.1 o 2.7.2.

Si lo desea, utilice el campo de descripción de la versión para añadir notas sobre esta versión. Por ejemplo: Fix for syntax error in workflow definition.

nota

No incluyas ningún dato de identificación personal (PII) en el nombre de la versión. Los nombres de las versiones aparecen en el ARN de la versión del flujo de trabajo.

HealthOmics asigna un ARN único a la versión del flujo de trabajo. El ARN es único en función de la combinación del ID del flujo de trabajo y el nombre de la versión.

aviso

Tras eliminar una versión del flujo de trabajo, HealthOmics permite reutilizar el nombre de la versión para otra versión del flujo de trabajo. La práctica recomendada es no volver a utilizar los nombres de las versiones. Si reutilizas un nombre, el flujo de trabajo y cada versión tienen un UUID único que puedes usar para determinar su procedencia.

Crea una versión del flujo de trabajo mediante la consola

Pasos para crear un flujo de trabajo

1. Abra la consola de HealthOmics .

2. Seleccione el panel de navegación (≡) en la parte superior izquierda y seleccione Flujos de trabajo privados.

3. En la página Flujos de trabajo privados, elija el flujo de trabajo para la nueva versión.

4. En la página de detalles del flujo de trabajo, selecciona Crear nueva versión.

5. En la página Crear versión, proporcione la siguiente información:

   1. Nombre de la versión: introduzca un nombre para la versión del flujo de trabajo que sea único en todo el flujo de trabajo.

   2. Descripción de la versión (opcional): puede utilizar el campo de descripción para añadir notas sobre esta versión.

6. En el panel de definición del flujo de trabajo, proporciona la siguiente información:

   1. Idioma del flujo de trabajo (opcional): seleccione el idioma de especificación para la versión del flujo de trabajo. De lo contrario, HealthOmics determina el idioma a partir de la definición del flujo de trabajo.

   2. Para la fuente de definición de flujo de trabajo, elija importar la carpeta de definición desde un repositorio basado en Git, una ubicación de Amazon S3 o desde una unidad local.

      1. Para importar desde un servicio de repositorio:

         nota

         HealthOmics admite repositorios públicos y privados paraGitHub,GitLab, BitbucketGitHub self-managed,GitLab self-managed.

         1. Elija una conexión para conectar sus AWS recursos al repositorio externo. Para crear una conexión, consulteConéctese con repositorios de código externos.

            nota

            Los clientes de la TLV región deben crear una conexión en la región IAD (us-east-1) para crear un flujo de trabajo.

         2. En ID de repositorio completo, introduce tu ID de repositorio como nombre de usuario/nombre de repositorio. Comprueba que tienes acceso a los archivos de este repositorio.

         3. En Referencia de origen (opcional), introduce una referencia de origen del repositorio (rama, etiqueta o ID de confirmación). HealthOmics usa la rama predeterminada si no se especifica ninguna referencia a la fuente.

         4. En Excluir patrones de archivos, introduzca los patrones de archivo para excluir carpetas, archivos o extensiones específicos. Esto ayuda a administrar el tamaño de los datos al importar archivos del repositorio. Hay un máximo de 50 patrones y los patrones deben seguir la sintaxis del patrón global. Por ejemplo:

            1. tests/

            2. *.jpeg

            3. large_data.zip

      2. Para seleccionar la carpeta de definiciones de S3:

         1. Introduzca la ubicación de Amazon S3 que contiene la carpeta comprimida de definiciones de flujos de trabajo. El bucket de Amazon S3 debe estar en la misma región que el flujo de trabajo.

         2. Si su cuenta no es propietaria del depósito de Amazon S3, introduzca el ID de AWS cuenta del propietario del depósito en el ID de cuenta del propietario del depósito de S3. Esta información es necesaria para HealthOmics poder verificar la propiedad del bucket.

      3. Para seleccionar la carpeta de definiciones de una fuente local:

         1. Introduzca la ubicación de la unidad local de la carpeta comprimida de definiciones de flujo de trabajo.

   3. Ruta principal del archivo de definición del flujo de trabajo (opcional): introduzca la ruta del archivo desde la carpeta o el repositorio de definiciones de flujo de trabajo comprimido hasta el main archivo. Este parámetro no es necesario si solo hay un archivo en la carpeta de definición del flujo de trabajo o si el archivo principal se denomina «principal».

7. En el panel de configuración del almacenamiento de ejecución predeterminado, indique el tipo y la capacidad de almacenamiento de ejecución predeterminados para las ejecuciones que utilizan este flujo de trabajo:

   1. Tipo de almacenamiento de ejecución: elija si desea utilizar el almacenamiento estático o dinámico como predeterminado para el almacenamiento de ejecución temporal. El valor predeterminado es el almacenamiento estático.

   2. Capacidad de almacenamiento de ejecución (opcional): para el tipo de almacenamiento de ejecución estático, puede introducir la cantidad predeterminada de almacenamiento de ejecución necesaria para este flujo de trabajo. El valor predeterminado de este parámetro es 1200 GiB. Puede anular estos valores predeterminados al iniciar una ejecución.

8. Etiquetas (opcional): puedes asociar hasta 50 etiquetas a esta versión del flujo de trabajo.

9. Elija Siguiente.

10. En la página Añadir parámetros de flujo de trabajo (opcional), seleccione la fuente de parámetros:

    1. Para analizar desde un archivo de definición de flujo de trabajo, HealthOmics analizará automáticamente los parámetros del flujo de trabajo del archivo de definición del flujo de trabajo.

    2. Para Proporcionar una plantilla de parámetros desde el repositorio de Git, usa la ruta al archivo de plantillas de parámetros de tu repositorio.

    3. Para seleccionar un archivo JSON de una fuente local, sube un JSON archivo de una fuente local que especifique los parámetros.

    4. En Introducir manualmente los parámetros del flujo de trabajo, introduzca manualmente los nombres y las descripciones de los parámetros.

11. En el panel de vista previa de parámetros, puede revisar o cambiar los parámetros de esta versión del flujo de trabajo. Si restaura el JSON archivo, perderá los cambios locales que haya realizado.

12. Elija Siguiente.

13. Revise la configuración de la versión y, a continuación, seleccione Crear versión.

Cuando se crea la versión, la consola vuelve a la página de detalles del flujo de trabajo y muestra la nueva versión en la tabla Flujos de trabajo y versiones.

Cree una versión de flujo de trabajo mediante la CLI

Puede crear una versión del flujo de trabajo mediante la operación de CreateWorkflowVersion API. Para los parámetros opcionales, HealthOmics utiliza los siguientes valores predeterminados:

Parámetro	Predeterminado/a
Motor	Determinado a partir de la definición del flujo de trabajo
Tipo de almacenamiento	STATIC
Capacidad de almacenamiento (para almacenamiento estático)	1200 GiB
Principal	Se determina en función del contenido de la carpeta de definición del flujo de trabajo. Para obtener más información, consulte HealthOmics requisitos de definición del flujo de trabajo.
Aceleradores	none
Etiquetas	none

El siguiente ejemplo de CLI crea una versión de flujo de trabajo con almacenamiento estático como almacenamiento de ejecución predeterminado:

aws omics create-workflow-version \
--workflow-id 1234567  \
--version-name "my_version" \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--description "my version description" \
--main file://workflow-params.json \
--parameter-template file://workflow-params.json \
--storage-type='STATIC'   \
--storage-capacity 1200   \
--tags example123=string  \
--accelerators GPU

Si el archivo de definición de flujo de trabajo se encuentra en una carpeta de Amazon S3, introduzca la ubicación mediante el definition-uri parámetro en lugar dedefinition-zip. Para obtener más información, consulte CreateWorkflowVersionla referencia de la HealthOmics API de AWS.

Recibirá la siguiente respuesta a la create-workflow-version solicitud.

{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "my_version",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3",
  "status": "ACTIVE",
  "tags": {
    "environment": "production",
    "owner": "team-alpha"
  },
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}   

Cree una versión del flujo de trabajo mediante un SDK

Puede crear un flujo de trabajo mediante uno de los SDKs.

El siguiente ejemplo muestra cómo crear una versión de flujo de trabajo mediante el SDK de Python.

import boto3

omics = boto3.client('omics')

with open('definition.zip', 'rb') as f:
   definition = f.read()

response = omics.create_workflow_version(
   workflowId='1234567',
   versionName='my_version',
   requestId='my_request_1'
   definitionZip=definition,
   parameterTemplate={ ... }
)     

Compruebe el estado de una versión de flujo de trabajo

Después de crear la versión del flujo de trabajo, puede verificar el estado y ver otros detalles del flujo de trabajo mediante get-workflow-versionla siguiente información.

aws omics get-workflow-version 
--workflow-id 9876543
--version-name "my_version"

La respuesta proporciona los detalles del flujo de trabajo, incluido el estado, tal y como se muestra.

{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "3.0.0",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3.0.0",
  "status": "ACTIVE",
  "description": ...
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}   

Para poder iniciar una ejecución con esta versión del flujo de trabajo, el estado debe pasar aACTIVE.