Ejecute un trabajo de un solo nodo en AWS PCS

Para ejecutar un trabajo con Slurm, debe preparar un script de envío que especifique los requisitos del trabajo y enviarlo a una cola con el comando. sbatch Por lo general, esto se hace desde un directorio compartido, de modo que los nodos de inicio de sesión y de procesamiento tengan un espacio común para acceder a los archivos.

Conéctese al nodo de inicio de sesión de su clúster y ejecute los siguientes comandos en su intérprete de comandos.

• Conviértete en el usuario predeterminado. Cambie al directorio compartido.

  sudo su - ec2-user
  cd /shared

• Utilice los siguientes comandos para crear un ejemplo de script de trabajo:

  cat << EOF > job.sh
  #!/bin/bash
  #SBATCH -J single
  #SBATCH -o single.%j.out
  #SBATCH -e single.%j.err
  
  echo "This is job \${SLURM_JOB_NAME} [\${SLURM_JOB_ID}] running on \${SLURMD_NODENAME}, submitted from \${SLURM_SUBMIT_HOST}" && sleep 60 && echo "Job complete"
  EOF

• Envíe el script de trabajo al programador de Slurm:

  sbatch -p demo job.sh

• Cuando se envíe el trabajo, devolverá una ID de trabajo en forma de número. Usa ese identificador para comprobar el estado del trabajo. Reemplazar job-id en el siguiente comando con el número devuelto desdesbatch.

  squeue --job job-id

  squeue --job 1

  El squeue comando devuelve un resultado similar al siguiente:

  JOBID PARTITION NAME USER     ST TIME NODES NODELIST(REASON)
  1     demo      test ec2-user CF 0:47 1     compute-1

• Continúe comprobando el estado del trabajo hasta que alcance el estado R (en ejecución). El trabajo está hecho cuando squeue no devuelve nada.

• Inspeccione el contenido del /shared directorio.

  ls -alth /shared

  El resultado del comando es similar al siguiente:

  -rw-rw-r- 1 ec2-user ec2-user 107 Mar 19 18:33 single.1.out
  -rw-rw-r- 1 ec2-user ec2-user 0 Mar 19 18:32 single.1.err
  -rw-rw-r- 1 ec2-user ec2-user 381 Mar 19 18:29 job.sh

  Uno de los nodos de cómputo del clúster single.1.err asignó un nombre single.1.out a los archivos y los escribió. Como el trabajo se ejecutó en un directorio compartido (/shared), también están disponibles en su nodo de inicio de sesión. Por eso configuró un sistema de archivos FSx para Lustre para este clúster.

• Inspeccione el contenido del single.1.out archivo.

  cat /shared/single.1.out

  El resultado es similar al siguiente:

  This is job test [1] running on compute-1, submitted from ip-10-3-13-181
  Job complete