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# Prédisez les structures des protéines avec ESMfold sur Deadline Cloud
Le bundle de tâches [esmfold\_predict](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/esmfold_predict) exécute la prédiction de la structure des protéines avec ESMfold (Meta's, licence MIT). `facebook/esmfold_v1` Le bundle prend un fichier FASTA en entrée et produit un `.pdb` fichier par séquence en sortie, ainsi que des métriques de confiance et un rapport de validation facultatif par rapport à des structures de référence expérimentales.
La tâche se déroule en quatre étapes :
1. Analysez le FASTA d'entrée, validez les séquences (jusqu'à 1024 acides aminés, résidus standard plus X) et répartissez les enregistrements entre les tâches du travailleur.
1. Exécutez l'inférence ESMFold sur chaque lot de séquences sur le GPU.
1. Afficher une image de trace de base de chaque structure prédite, colorée selon le niveau de confiance PLDDT par résidu.
1. Facultatif : lorsque vous fournissez un répertoire de PDB de référence expérimentales, du calcul TM-score, du RMSD et un diagramme d'étalonnage par pLDDT/error résidu.
Le bundle nécessite une batterie de serveurs dotée d'un parc géré par le service GPU NVIDIA (A10G, L4 ou A100 ; au moins 16 Go de VRAM et 16 Go de RAM système) et une file d'attente avec un environnement de file d'attente conda qui consomme les paramètres et de la tâche. `CondaPackages` `CondaChannels` La configuration la plus rapide est le modèle [cuda\_farm](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/cloudformation/farm_templates/cuda_farm) AWS CloudFormation ()CloudFormation. Les instances de GPU Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) sont limitées par des quotas de vCPU par région ; si votre flotte n'augmente pas, demandez une augmentation *pour les instances On-Demand Running G et VT dans* la console Service Quotas.
Soumettez la démo, qui regroupe trois courtes protéines de référence (les Trp-cage variantes 1L2Y et 2JOF, et le casque de villin 1VII) :
```
deadline bundle submit ./job_bundles/esmfold_predict/ \
-p InputFasta=./job_bundles/esmfold_predict/sample_inputs/demo.fasta
```
Le premier pli d'un nouveau travailleur télécharge les `facebook/esmfold_v1` poids de 5,2 Go dans `/.hf_cache/` (environ trois minutes sur un`g5.2xlarge`). Les tâches de pliage suivantes dans le même travail réutilisent le cache.
Pour valider les prédictions par rapport à des références expérimentales, placez `.pdb` les fichiers dans un répertoire et passez-les sous le nom de`ReferencePdbDir`. L'`Validate`étape écrit `validation.csv` et une par séquence`calibration.png`.