Démarrer des flux de travail HealthOmics Ready2Run à l'aide de l'API

La plupart des opérations d'API se comportent de la même manière pour les flux de travail Ready2Run et les flux de travail privés.

Pour renvoyer une liste des flux de travail Ready2Run disponibles, utilisez list-workflows avec le type paramètre défini sur RUN. READY2

aws omics list-workflows --type READY2RUN                            

Après avoir identifié le flux de travail à exécuter à partir de la réponse list-workflows, vous pouvez utiliser get-workflow avec le --id paramètre pour obtenir plus de détails.

aws omics get-workflow --type READY2RUN --id workflow id    

Pour exécuter un flux de travail Ready2Run, vous pouvez utiliser l'opération d'API Start-Run avec le paramètre de type de flux de travail défini surREADY2RUN, comme indiqué dans l'exemple suivant

aws-omics start-run \
  --workflow-type READY2RUN \
  --workflow-id workflow id \
  --output-uri &example-s3-bucket; \
  --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
  --parameters file:///path/to/parameters.json

Pour spécifier une version de flux de travail, utilisez le paramètre workflow-version, comme illustré dans cet exemple.

aws-omics start-run \
  --workflow-type READY2RUN \ 
  ...
  --version-name '3.0.0'

Pour surveiller votre course, vous pouvez utiliser l'opération d'API get-run, comme indiqué.

aws-omics get-run \
  --id run id