Création d'un flux de travail privé

Créez un flux de travail à l'aide de la HealthOmics console, des commandes de la AWS CLI ou de l'une des AWS SDKs.

Note

N'incluez aucune information personnellement identifiable (PII) dans les noms des flux de travail. Ces noms sont visibles dans les CloudWatch journaux.

Lorsque vous créez un flux de travail, HealthOmics attribuez un identifiant unique universel (UUID) au flux de travail. L'UUID du flux de travail est un identifiant global unique (GUID) unique pour tous les flux de travail et toutes les versions de flux de travail. À des fins de provenance des données, nous vous recommandons d'utiliser l'UUID du flux de travail pour identifier les flux de travail de manière unique.

Création d'un flux de travail à l'aide de la console

Étapes de création d'un flux de travail

1. Ouvrez la HealthOmics console.

2. Sélectionnez le volet de navigation (≡) en haut à gauche, puis sélectionnez Workflows privés.

3. Sur la page Flux de travail privés, choisissez Créer un flux de travail.

4. Sur la page Définir le flux de travail, fournissez les informations suivantes :

   1. Nom du flux de travail : nom distinctif pour ce flux de travail. Nous vous recommandons de définir des noms de flux de travail pour organiser vos exécutions dans la AWS HealthOmics console et CloudWatch les journaux.

   2. Description (facultatif) : description de ce flux de travail.

5. Dans le panneau de définition du flux de travail, fournissez les informations suivantes :

   1. Langue du flux de travail (facultatif) : sélectionnez la langue de spécification du flux de travail. Dans le cas contraire, HealthOmics détermine la langue à partir de la définition du flux de travail.

   2. Pour la source de définition du flux de travail, choisissez d'importer le dossier de définition à partir d'un référentiel Git, d'un emplacement Amazon S3 ou d'un lecteur local.

      1. Pour l'importation depuis un service de référentiel :

         Note

         HealthOmics prend en charge les référentiels publics et privés pour GitHubGitLab,, BitbucketGitHub self-managed,GitLab self-managed.

         1. Choisissez une connexion pour connecter vos AWS ressources au référentiel externe. Pour créer une connexion, voirConnectez-vous à des référentiels de code externes.

            Note

            Les clients de la TLV région doivent créer une connexion dans la région IAD (us-east-1) pour créer un flux de travail.

         2. Dans ID de référentiel complet, entrez votre ID de référentiel sous forme de nom d'utilisateur/nom de dépôt. Vérifiez que vous avez accès aux fichiers de ce dépôt.

         3. Dans Référence de source (facultatif), entrez une référence de source de référentiel (branche, balise ou ID de validation). HealthOmics utilise la branche par défaut si aucune référence de source n'est spécifiée.

         4. Dans Exclure les modèles de fichiers, entrez les modèles de fichiers pour exclure des dossiers, des fichiers ou des extensions spécifiques. Cela permet de gérer la taille des données lors de l'importation de fichiers de référentiel. Il y a un maximum de 50 modèles, et les modèles doivent suivre la syntaxe du modèle global. Par exemple :

            1. tests/

            2. *.jpeg

            3. large_data.zip

      2. Pour Sélectionner le dossier de définition depuis S3 :

         1. Entrez l'emplacement Amazon S3 qui contient le dossier de définition du flux de travail compressé. Le compartiment Amazon S3 doit se trouver dans la même région que le flux de travail.

         2. Si votre compte ne possède pas le compartiment Amazon S3, entrez l'ID de AWS compte du propriétaire du compartiment dans l'ID de compte du propriétaire du compartiment S3. Ces informations sont nécessaires pour vérifier HealthOmics la propriété du compartiment.

      3. Pour Sélectionner le dossier de définition à partir d'une source locale :

         1. Entrez l'emplacement du lecteur local du dossier de définition du flux de travail compressé.

   3. Chemin du fichier de définition du flux de travail principal (facultatif) : entrez le chemin du fichier depuis le dossier ou le référentiel de définition du flux de travail compressé vers le main fichier. Ce paramètre n'est pas obligatoire s'il n'existe qu'un seul fichier dans le dossier de définition du flux de travail ou si le fichier principal est nommé « main ».

6. Dans le panneau du fichier README (facultatif), fournissez les informations suivantes :

   1. Sélectionnez la source du fichier README.

      1. Pour Importer depuis un service de référentiel, dans le champ Chemin du fichier README, entrez le chemin du fichier README dans le référentiel.

      2. Pour Select file from S3, dans le fichier README dans S3, entrez l'URI Amazon S3 du fichier README.

      3. Pour Sélectionner un fichier depuis une source locale : dans le fichier README depuis une source locale, téléchargez un fichier README depuis une source locale.

   2. Dans le champ Chemin du fichier README, entrez le chemin du fichier README dans la source.

7. Dans le panneau de configuration du stockage d'exécution par défaut, indiquez le type de stockage d'exécution par défaut et la capacité pour les exécutions utilisant ce flux de travail :

   1. Type de stockage d'exécution : choisissez d'utiliser le stockage statique ou dynamique par défaut pour le stockage d'exécution temporaire. La valeur par défaut est le stockage statique.

   2. Capacité de stockage d'exécution (facultatif) : pour le type de stockage d'exécution statique, vous pouvez entrer la quantité de stockage d'exécution par défaut requise pour ce flux de travail. La valeur par défaut de ce paramètre est de 1200 GiB. Vous pouvez remplacer ces valeurs par défaut lorsque vous démarrez une course.

8. Balises (facultatif) : vous pouvez associer jusqu'à 50 balises à ce flux de travail.

9. Choisissez Suivant.

10. Sur la page Ajouter des paramètres de flux de travail (facultatif), sélectionnez la source du paramètre :

    1. Pour Parse from fichier de définition de flux de travail, HealthOmics analysera automatiquement les paramètres du flux de travail à partir du fichier de définition de flux de travail.

    2. Pour Provide parameter template from Git repository, utilisez le chemin d'accès au fichier de modèle de paramètres depuis votre dépôt.

    3. Pour Select JSON file from local source, téléchargez un JSON fichier depuis une source locale qui spécifie les paramètres.

    4. Pour saisir manuellement les paramètres du flux de travail, entrez manuellement les noms et les descriptions des paramètres.

11. Dans le panneau d'aperçu des paramètres, vous pouvez consulter ou modifier les paramètres de cette version du flux de travail. Si vous restaurez le JSON fichier, vous perdrez toutes les modifications locales que vous avez apportées.

12. Choisissez Suivant.

13. Vérifiez la configuration du flux de travail, puis choisissez Créer un flux de travail.

Création d'un flux de travail à l'aide de la CLI

Après avoir défini votre flux de travail et les paramètres, vous pouvez créer un flux de travail à l'aide de la CLI, comme indiqué.

aws omics create-workflow  \
  --name "my_workflow"   \
  --definition-zip fileb://my-definition.zip \
  --parameter-template file://my-parameter-template.json 

Si le fichier de définition de votre flux de travail se trouve dans un dossier Amazon S3, entrez l'emplacement en utilisant le definition-uri paramètre au lieu dedefinition-zip. Pour plus d'informations, consultez CreateWorkflowle manuel de référence des HealthOmics API AWS.

La réponse à la create-workflow demande est la suivante :

{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....",
  "id": "1234567",
  "status": "CREATING",
  "tags": {
      "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:...."
  },
  "uuid": "64c9a39e-8302-cc45-0262-2ea7116d854f"
}   

Paramètres facultatifs à utiliser lors de la création d'un flux de travail

Vous pouvez spécifier n'importe quel paramètre facultatif lorsque vous créez un flux de travail. Pour plus d'informations, consultez CreateWorkflowle manuel de référence des HealthOmics API AWS.

Si vous incluez plusieurs fichiers de définition de flux de travail, utilisez le main paramètre pour spécifier quel fichier est le fichier de définition principal de votre flux de travail.

Si vous avez chargé le fichier de définition de votre flux de travail dans un dossier Amazon S3, spécifiez l'emplacement à l'aide du definition-uri paramètre, comme illustré dans l'exemple suivant. Si votre compte ne possède pas le compartiment Amazon S3, fournissez l' Compte AWS ID du propriétaire.

aws omics create-workflow  \
  --name Test  \
  --main multi_workflow/workflow2.wdl  \
  --definition-uri s3://omics-bucket/workflow-definition/  \
  --owner-id  123456789012  \
  --parameter-template file://params_sample_description.json 

Vous pouvez spécifier le type de stockage d'exécution par défaut (DYNAMIC ou STATIC) et la capacité de stockage d'exécution (requise pour le stockage statique). Pour plus d'informations sur les types de stockage d'exécution, consultezExécuter les types de stockage dans les HealthOmics flux de travail.

aws omics create-workflow  \
  --name my_workflow   \
  --definition-zip fileb://my-definition.zip \
  --parameter-template file://my-parameter-template.json   \
  --storage-type 'STATIC'  \
  --storage-capacity 1200  \

Utilisez le paramètre accelerators pour créer un flux de travail qui s'exécute sur une instance de calcul accéléré. L'exemple suivant montre comment utiliser le --accelerators paramètre.

aws omics create-workflow --name workflow name \
   --definition-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1/GPUWorkflow.zip \
   --accelerators GPU  

Création d'un flux de travail à l'aide d'un SDK

Vous pouvez créer un flux de travail à l'aide de l'un des SDKs. L'exemple suivant montre comment créer un flux de travail à l'aide du SDK Python

import boto3

omics = boto3.client('omics')

with open('definition.zip', 'rb') as f:
   definition = f.read()

response = omics.create_workflow(
   name='my_workflow',
   definitionZip=definition,
   parameterTemplate={ ... }
)