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# Surveillance HealthOmics avec CloudWatch Journaux
HealthOmics génère divers journaux pour vous aider à comprendre et à résoudre vos problèmes. Les journaux sont disponibles à deux endroits : CloudWatch et Amazon S3.
Par défaut, la journalisation est activée pour les exécutions. Vous pouvez éventuellement désactiver la journalisation d'une course en réglant `LogLevel = OFF` dans le **startrun** demande.
**Note**
Pour les mises à jour de service, configurez et surveillez votre [Tableau de bord de santé personnel](https://health.console.aws.amazon.com/health/home#/account/dashboard/open-issues). Pour plus d'informations sur la gestion du tableau de bord, consultez [Démarrez avec votre tableau de bord AWS Health](https://docs.aws.amazon.com/health/latest/ug/getting-started-health-dashboard.html).
**Topics**
+ [Types de journaux pour HealthOmics flux de travail](#log-descriptions)
+ [Se connecte CloudWatch](#cloudwatch-logs)
+ [Se connecte à Amazon S3](#s3-logs)
+ [Interactif CloudWatch Se connecte à la CLI](#cloudwatch-logs-cli)
+ [Accès CloudWatch Journaux depuis la console](#cloudwatch-logs-console)
## Types de journaux pour HealthOmics flux de travail
HealthOmics fournit les types de journaux suivants pour les flux de travail :
+ Journaux du moteur : journaux du moteur tels que `.nextflow.log` et `workflow.log` sont produits par les moteurs de flux de travail sous-jacents (Nextflow, WDL et CWL). Ces journaux peuvent vous aider à résoudre les problèmes de définition des flux de travail.
+ Journaux des manifestes d'exécution : ces journaux fournissent des informations de haut niveau sur chaque tâche exécutée, telles que l'état de la tâche, l'heure de début, l'heure de fin et la raison de l'échec (si la tâche a échoué).
Les journaux des manifestes d'exécution fournissent également des statistiques d'utilisation des ressources qui peuvent être utiles pour comprendre les opportunités d'optimisation des ressources. Ces statistiques incluent :
+ Moyenne du processeur
+ Puissance maximale du processeur
+ CPU réservés
+ GPU réservés
+ mémoireAverageGiB
+ mémoireMaximumGiB
+ mémoireReservedGiB
+ Secondes de fonctionnement
Les métriques d'exécution sont également disponibles en temps quasi réel via CloudWatch OpenTelemetry métriques. Pour plus d’informations, consultez [Exécutez des métriques pour les flux de travail privés](monitoring-run-metrics.md).
Pour créer la chronologie d'une exécution à partir de l'horodatage de ses tâches, voir [Création d'un calendrier des tâches à partir du manifeste d'exécution](workflows-run-optimize.md#workflows-run-timeline).
+ Journaux d'exécution — Les journaux d'exécution fournissent l'état général de l'exécution et l'heure à laquelle les tâches individuelles démarrent, s'exécutent, s'arrêtent et se terminent. Les journaux d'exécution vous donnent également une visibilité sur les étapes d'importation et d'exportation des fichiers.
+ Journaux de tâches : les journaux de tâches fournissent des informations de journalisation détaillées sur les tâches individuelles de votre exécution. Les résultats de votre journal des tâches dépendent de la définition de la tâche et de l'endroit où vous utilisez les instructions du journal dans votre code. Si vos journaux de tâches ne fournissent pas le niveau d'informations dont vous avez besoin, pensez à ajouter des instructions de journal supplémentaires à votre définition de tâche afin de produire des journaux de tâches plus pertinents.
+ Journaux de cache d'exécution — Les journaux de cache d'exécution fournissent l'état général des caches d'exécution et la mise en cache des résultats des tâches. Les journaux d'exécution du cache vous donnent une visibilité sur les accès et les échecs du cache pour chaque exécution utilisant la mise en cache.
+ Outputs.json — Pour les flux de travail WDL et CWL, HealthOmics fournit un fichier généré par le moteur, nommé `outputs.json`, dans votre compartiment Amazon S3 une fois l'exécution terminée. Ce fichier inclut une liste et une carte de toutes les sorties de l'exécution.
## Se connecte CloudWatch
CloudWatch génère des journaux de flux de travail pour les exécutions échouées et les exécutions réussies. Tous les journaux sont disponibles pour les exécutions réussies et les échecs.
Vous pouvez trouver le CloudWatch journaux de flux de travail dans le groupe de journaux suivant : `/aws/omics/WorkflowLog`. En outre, la sortie du **courir** Le fonctionnement de l'API fournit CloudWatch log les ARN des flux pour les journaux du moteur et les journaux d'exécution.
Par défaut, AWS conserve le CloudWatch Se connecte indéfiniment. Vous pouvez ajuster la politique de conservation du groupe de journaux afin de définir une période de conservation comprise entre 10 ans et un jour.
Le tableau suivant fournit un résumé des CloudWatch Se connecte HealthOmics. Tous les journaux de flux de travail sont disponibles pour les exécutions réussies et les exécutions échouées.
| Nom du journal | Disponible en CloudWatch Journaux | Quand le journal est-il disponible | Format de flux de journaux |
| --- | --- | --- | --- |
| Journaux du moteur | Oui | En temps réel | exécuter/{{runID}}/moteur |
| Exécuter les journaux des manifestes | Oui | Une fois l'exécution terminée | manifest/run/{{runID}}/{{runUUID}} |
| Journaux d'exécution | Oui | En temps réel | exécuter/{{runID}} |
| Journaux de tâches | Oui | En temps réel | exécuter/{{runID}}/tâche/{{taskID}} |
| Exécuter des journaux de cache | Oui | En temps réel | Exécuter le cache/{{runCacheId}}/{{runCacheUUID}} |
| Outputs.json (WDL et CWL) | Non | n/a | n/a |
## Se connecte à Amazon S3
Parmi les [Types de journaux pour HealthOmics flux de travail](#log-descriptions), seuls les journaux du moteur et le `outputs.json` les fichiers sont envoyés à Amazon S3.
Une fois l'exécution terminée, les journaux du moteur sont envoyés à votre compartiment S3 et sont disponibles indéfiniment jusqu'à ce que vous les supprimiez. Ces journaux se trouvent dans le répertoire des journaux de l'URI de sortie S3 que vous avez spécifié pour le flux de travail.
Le chemin d'accès au répertoire des journaux est au format suivant : `s3://{user_provided_path}/logs/`.
Le tableau suivant fournit un résumé des HealthOmics journaux disponibles dans votre compartiment Amazon S3.
| Nom du journal | Disponible sur Amazon S3 | Quand le journal est-il disponible | Chemin du flux de journaux |
| --- | --- | --- | --- |
| Journaux du moteur | Oui | Une fois l'exécution terminée | numéro 3 ://{{user\_provided\_path}}/logs/engine.journal |
| Outputs.json (WDL et CWL) | Oui | Une fois l'exécution terminée | numéro 3 ://{{user\_provided\_path}}/{{runID}}/{{runUUID}}/logs/outputs.json |
| Exécuter des journaux de manifestes, des journaux d'exécution et des journaux de tâches | Non | n/a | n/a |
## Interactif CloudWatch Se connecte à la CLI
Vous pouvez consulter de manière interactive les CloudWatch Enregistre à l'aide de la commande Live Tail en mode interactif. Vous pouvez suivre la progression de la course en temps réel et définir jusqu'à 5 mots clés à mettre en évidence dans les journaux :
```
aws logs start-live-tail \
--mode interactive \
--log-group-identifiers arn:aws:logs:{{region}}:{{account-ID}}:log-group:/aws/omics/WorkflowLog
```
Pour plus d'informations, voir [ Démarrez Live Tail](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/logs/start-live-tail.html) dans le AWS CLI Référence de commande.
## Accès CloudWatch Journaux depuis la console
Pour accéder aux journaux d'une course, vous pouvez accéder directement à ces journaux depuis le **Détails de la course** page dans HealthOmics console.
1. Ouvrez la [console HealthOmics ](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Si nécessaire, ouvrez le volet de navigation de gauche (≡). Choisissez **Courses**.
1. Sélectionnez l'essai dans le tableau des essais.
1. Sur la page des détails de l'exécution, vous pouvez choisir l'une des actions suivantes :
1. À partir de **Résumé de l'exécution**, choisissez **Afficher les journaux d'exécution**. La console ouvre les journaux d'exécution dans le CloudWatch console.
1. À partir de **Résumé de l'exécution**, choisissez **Afficher les journaux dans Amazon S3**. La console ouvre le dossier des journaux dans la console Amazon S3.
1. À partir de **Exécuter des tâches**, choisissez **Afficher les journaux**, **Afficher les journaux d'exécution** ou **Afficher les journaux des manifestes d'exécution** pour une tâche. La console ouvre les journaux dans le CloudWatch console.
Vous pouvez également accéder aux journaux à partir du CloudWatch console :
1. Ouvrez le CloudWatch console [https://console.aws.amazon.com/cloudwatch/](https://console.aws.amazon.com/cloudwatch/).
1. Dans le menu de gauche, choisissez **Groupes de journaux**.
1. Sélectionnez le groupe `/aws/omics/WorkflowLog`.
Si la liste des groupes de journaux est longue, vous pouvez saisir **omiques** dans la zone de texte de recherche pour affiner la liste.
1. Quand le **Informations sur le groupe de journaux** la page s'ouvre, choisissez le flux de journaux que vous souhaitez afficher. La console affiche les événements de ce flux de journaux.