Exporter HealthOmics des ensembles de lectures vers un compartiment Amazon S3

Vous pouvez exporter des ensembles de lectures sous forme de tâche d'exportation par lots vers un compartiment Amazon S3. Pour ce faire, créez d'abord une stratégie IAM dotée d'un accès en écriture au bucket, comme dans l'exemple de stratégie IAM suivant.

JSON

{
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}                    

JSON

{
"Version": "2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}                  

Une fois la politique IAM en place, commencez votre travail d'exportation du set de lecture. L'exemple suivant montre comment procéder à l'aide de l'opération start-read-set-exportd'API -job. Dans l'exemple suivant, remplacez tous les paramètres, tels que sequence store IDdestination,role ARN, etsources, par votre entrée.

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2                    

Vous recevez la réponse suivante contenant des informations sur le magasin de séquences d'origine et le compartiment Amazon S3 de destination.

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}                    

Une fois la tâche démarrée, vous pouvez déterminer son statut à l'aide de l'opération get-read-set-exportd'API -job, comme indiqué ci-dessous. Remplacez le sequence store ID et job ID par votre identifiant de magasin de séquences et votre identifiant de tâche, respectivement.

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

Vous pouvez afficher toutes les tâches d'exportation initialisées pour un magasin de séquences à l'aide de l'opération list-read-set-exportd'API -jobs, comme illustré ci-dessous. Remplacez le sequence store ID par votre identifiant de magasin de séquences.

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.

{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}        

En plus d'exporter vos ensembles de lecture, vous pouvez également les partager en utilisant l'accès Amazon S3 URIs. Pour en savoir plus, consultez Accès aux ensembles de HealthOmics lecture avec Amazon S3 URIs.