Exécuter le mode de rétention pour les HealthOmics courses

Une fois l'exécution terminée, HealthOmics archive les métadonnées de l'exécution dans CloudWatch. Par défaut, CloudWatch conserve les données d'exécution indéfiniment, sauf si vous modifiez la politique de CloudWatch conservation. Les sorties d'exécution sont également stockées dans Amazon S3 jusqu'à ce que vous les supprimiez.

L'un des réglages HealthOmics quotas de service est celui maximum number of runs (active and inactive) dans une région. HealthOmics conserve les métadonnées d'exécution jusqu'à ce nombre d'exécutions pour les utiliser par la console et les opérations d'API (ListRuns et GetRun). Lorsque vous démarrez une exécution, vous pouvez définir le paramètre du mode de rétention d'exécution pour indiquer le comportement de rétention pour l'exécution. Le paramètre prend en charge les valeurs REMOVE et RETAIN.

Pour une nouvelle exécution avec le mode de rétention défini sur REMOVE, HealthOmics si vous essayez d'ajouter l'exécution après avoir déjà enregistré le nombre maximum d'exécutions, les métadonnées de la plus ancienne exécution pour laquelle le mode REMOVE est défini sont automatiquement supprimées. Cette suppression n'affecte pas les données stockées dans CloudWatch ou Amazon S3.

RETAIN est la valeur par défaut pour exécuter le mode de rétention. Pour les exécutions dans ce mode, le système ne supprime pas les métadonnées d'exécution. Si le nombre maximum d'essais HealthOmics atteint, tous définis sur RETAIN, vous ne pourrez pas créer d'essais supplémentaires tant que vous n'en aurez pas supprimé certains.

Si vous prévoyez d'exécuter un lot dont le nombre d'exécutions est supérieur au nombre maximal d'exécutions en même temps, assurez-vous de définir le mode de rétention des exécutions sur REMOVE. Dans le cas contraire, le lot échoue lorsqu'il HealthOmics essaie de démarrer le cycle suivant après le maximum.

Considérations supplémentaires relatives à l'utilisation du mode de rétention REMOVE :

• Lorsque vous commencez à utiliser REMOVE comme mode de rétention, pensez à supprimer une ou plusieurs exécutions utilisant le mode RETAIN, afin de libérer des emplacements. Lorsque vous lancez des sessions REMOVE supplémentaires, la suppression automatique prend le relais, de sorte que suffisamment d'emplacements sont disponibles pour de nouvelles exécutions.

• Si vous souhaitez réexécuter une exécution archivée (ou un ensemble d'exécutions), utilisez l'outil de HealthOmics réexécution de la CLI. Pour plus d'informations et des exemples d'utilisation de cet outil, consultez la section Réexécution d'Omics dans le GitHub référentiel HealthOmics d'outils.

• Nous vous recommandons de configurer un nom unique pour chaque exécution. Après HealthOmics avoir supprimé une exécution, vous ne pouvez pas utiliser la console ou l'API pour trouver le nom ou l'ID d'exécution. Cependant, vous pouvez l'utiliser CloudWatch pour rechercher le nom de l'exécution. Utilisez donc des noms uniques pour obtenir les meilleurs résultats de recherche.

• Vous pouvez utiliser la CloudWatch start-query commande pour obtenir des informations sur une exécution archivée. Si le nom d'exécution n'est pas unique, la requête peut renvoyer plusieurs manifestes. Les paramètres d'heure de début et de fin définissent la plage de temps pour la recherche.

  aws logs start-query  \
      --log-group-name "/aws/omics/WorkflowLog" \
      --query-string 'filter @logStream like "manifest" and @message like "myRunName"' \
      --end-time <END-EPOCH-TIME> --start-time <START-EPOCH-TIME>

  La start-query commande renvoie un ID de requête. La transmission de l'ID de requête à la get-query-results commande renvoie les résultats de la requête.

  aws logs get-query-results --query-id QueryId