Ressources de tâches dans une définition HealthOmics de flux de travail

Dans la définition du flux de travail, définissez les éléments suivants pour chaque tâche :

• L'image du conteneur pour la tâche. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Images de conteneurs dans Amazon ECR pour les flux de travail privés.

• Le nombre CPUs et la mémoire nécessaires pour la tâche. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Exigences en matière de calcul et de mémoire pour les HealthOmics tâches.

HealthOmics ignore les spécifications de stockage par tâche. HealthOmics fournit un stockage d'exécution auquel toutes les tâches en cours d'exécution peuvent accéder. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Exécuter les types de stockage dans les HealthOmics flux de travail.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
   }
   ...
}          

Dans le cas d'un flux de travail WDL, deux HealthOmics tentatives au maximum sont effectuées pour une tâche qui échoue en raison d'erreurs de service (la demande d'API renvoie un code d'état HTTP 5XX). Pour plus d'informations sur les nouvelles tentatives de tâches, consultezNouvelles tentatives de tâches.

Vous pouvez désactiver le comportement de nouvelle tentative en spécifiant la configuration suivante pour la tâche dans le fichier de définition WDL :

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes