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Contenu d'un cache d'exécution
HealthOmics organise votre cache d'exécution selon la structure suivante dans votre compartiment S3 :
s3://{cache.S3location}/{cache.uuid}/runID/taskID/{cacheentry.uuid}/
Le cache.uuid est l'identifiant unique mondial du cache. Le cacheentry.uuid est l'uuid unique au monde pour une tâche mise en cache. HealthOmics attribue les UUID aux caches et aux tâches.
Pour tous les moteurs de flux de travail, le cache contient les fichiers suivants :
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Le {cacheentryuuid}.json fichier — HealthOmics crée ce fichier manifeste, qui contient des informations sur le cache, y compris une liste de tous les éléments du cache et la version du cache.
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Fichiers de sortie de tâche : chaque sortie de tâche comprend un ou plusieurs fichiers, tels que définis par la tâche.
Pour un flux de travail utilisant Nextflow, le moteur Nextflow crée les fichiers supplémentaires suivants dans le cache :
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Le command.out fichier — Ce fichier contient le contenu standard de l'exécution de la tâche.
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Le .exitcode fichier : ce fichier contient le code de sortie de la tâche (un entier).
Note
Si vous souhaitez accéder aux fichiers de tâches intermédiaires de votre cache d'exécution pour un dépannage avancé, déclarez ces fichiers en tant que résultats de tâches dans la définition du flux de travail.
