Linters de flux de travail dans HealthOmics - AWS HealthOmics

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Linters de flux de travail dans HealthOmics

Après avoir créé un flux de travail, nous vous recommandons d'exécuter un linter sur le flux de travail avant de commencer la première exécution. Le linter détecte les erreurs susceptibles de provoquer l'échec de l'exécution.

Pour WDL, exécute HealthOmics automatiquement un linter lorsque vous créez le flux de travail. La sortie Linter est disponible dans le statusMessage champ de la get-workflow réponse. Utilisez la commande CLI suivante pour récupérer la sortie d'état (utilisez l'ID du flux de travail WDL que vous avez créé) : 

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage'

HealthOmics fournit des linters que vous pouvez exécuter sur la définition du flux de travail avant de créer le flux de travail. Exécutez ces linters sur les pipelines existants vers lesquels vous effectuez la migration. HealthOmics

  • WDL— Une image Amazon ECR publique pour exécuter un linter WDL.

  • Nextflow— Une image Amazon ECR publique pour exécuter les règles Linter pour Nextflow. Vous pouvez accéder au code source de ce linter à partir de GitHub.

  • CWL— non disponible