Création d'une version de flux de travail

Lorsque vous créez une nouvelle version d'un flux de travail, vous devez spécifier les valeurs de configuration pour cette nouvelle version. Il n'hérite d'aucune valeur de configuration du flux de travail.

Lorsque vous créez la version, fournissez un nom de version unique pour ce flux de travail. Vous ne pouvez pas modifier le nom après avoir HealthOmics créé la version.

Le nom de version doit commencer par une lettre ou un chiffre et peut inclure des lettres majuscules et minuscules, des chiffres, des traits d'union, des points et des traits de soulignement. La longueur maximale est de 64 caractères. Par exemple, vous pouvez utiliser un schéma de dénomination simple, tel que version1, version2, version3. Vous pouvez également faire correspondre les versions de votre flux de travail à vos propres conventions de version internes, telles que 2.7.0, 2.7.1, 2.7.2.

Vous pouvez éventuellement utiliser le champ de description de la version pour ajouter des remarques sur cette version. Par exemple : Fix for syntax error in workflow definition.

Note

N'incluez aucune information personnellement identifiable (PII) dans le nom de la version. Les noms de version apparaissent dans l'ARN de la version du flux de travail.

HealthOmics attribue un ARN unique à la version du flux de travail. L'ARN est unique en fonction de la combinaison de l'ID du flux de travail et du nom de version.

Avertissement

Après avoir supprimé une version de flux de travail, HealthOmics vous pouvez réutiliser le nom de version pour une autre version de flux de travail. La meilleure pratique consiste à ne pas réutiliser les noms de version. Si vous réutilisez un nom, le flux de travail et chaque version possèdent un UUID unique que vous pouvez utiliser pour la provenance.

Création d'une version du flux de travail à l'aide de la console

Étapes pour créer un flux de travail

1. Ouvrez la HealthOmics console.

2. Sélectionnez le volet de navigation (≡) en haut à gauche, puis sélectionnez Workflows privés.

3. Sur la page Flux de travail privés, choisissez le flux de travail pour la nouvelle version.

4. Sur la page des détails du flux de travail, choisissez Créer une nouvelle version.

5. Sur la page Créer une version, fournissez les informations suivantes :

   1. Nom de version : entrez un nom unique pour la version du flux de travail dans le flux de travail.

   2. Description de la version (facultatif) : vous pouvez utiliser le champ de description pour ajouter des remarques sur cette version.

6. Dans le panneau de définition du flux de travail, fournissez les informations suivantes :

   1. Langue du flux de travail (facultatif) : sélectionnez la langue de spécification pour la version du flux de travail. Sinon, HealthOmics détermine la langue à partir de la définition du flux de travail.

   2. Pour la source de définition du flux de travail, choisissez d'importer le dossier de définition à partir d'un référentiel Git, d'un emplacement Amazon S3 ou d'un lecteur local.

      1. Pour l'importation depuis un service de référentiel :

         Note

         HealthOmics prend en charge les référentiels publics et privés pour GitHubGitLab,, BitbucketGitHub self-managed,GitLab self-managed.

         1. Choisissez une connexion pour connecter vos AWS ressources au référentiel externe. Pour créer une connexion, voirConnectez-vous à des référentiels de code externes.

            Note

            Les clients de la TLV région doivent créer une connexion dans la région IAD (us-east-1) pour créer un flux de travail.

         2. Dans ID de référentiel complet, entrez votre ID de référentiel sous forme de nom d'utilisateur/nom de dépôt. Vérifiez que vous avez accès aux fichiers de ce dépôt.

         3. Dans Référence de source (facultatif), entrez une référence de source de référentiel (branche, balise ou ID de validation). HealthOmics utilise la branche par défaut si aucune référence de source n'est spécifiée.

         4. Dans Exclure les modèles de fichiers, entrez les modèles de fichiers pour exclure des dossiers, des fichiers ou des extensions spécifiques. Cela permet de gérer la taille des données lors de l'importation de fichiers de référentiel. Il y a un maximum de 50 modèles, et les modèles doivent suivre la syntaxe du modèle global. Par exemple :

            1. tests/

            2. *.jpeg

            3. large_data.zip

      2. Pour Sélectionner le dossier de définition depuis S3 :

         1. Entrez l'emplacement Amazon S3 qui contient le dossier de définition du flux de travail compressé. Le compartiment Amazon S3 doit se trouver dans la même région que le flux de travail.

         2. Si votre compte ne possède pas le compartiment Amazon S3, entrez l'ID de AWS compte du propriétaire du compartiment dans l'ID de compte du propriétaire du compartiment S3. Ces informations sont nécessaires pour vérifier HealthOmics la propriété du compartiment.

      3. Pour Sélectionner le dossier de définition à partir d'une source locale :

         1. Entrez l'emplacement du lecteur local du dossier de définition du flux de travail compressé.

   3. Chemin du fichier de définition du flux de travail principal (facultatif) : entrez le chemin du fichier depuis le dossier ou le référentiel de définition du flux de travail compressé vers le main fichier. Ce paramètre n'est pas obligatoire s'il n'existe qu'un seul fichier dans le dossier de définition du flux de travail ou si le fichier principal est nommé « main ».

7. Dans le panneau de configuration du stockage d'exécution par défaut, indiquez le type de stockage d'exécution par défaut et la capacité pour les exécutions utilisant ce flux de travail :

   1. Type de stockage d'exécution : choisissez d'utiliser le stockage statique ou dynamique par défaut pour le stockage d'exécution temporaire. La valeur par défaut est le stockage statique.

   2. Capacité de stockage d'exécution (facultatif) : pour le type de stockage d'exécution statique, vous pouvez entrer la quantité de stockage d'exécution par défaut requise pour ce flux de travail. La valeur par défaut de ce paramètre est de 1200 GiB. Vous pouvez remplacer ces valeurs par défaut lorsque vous démarrez une course.

8. Balises (facultatif) : vous pouvez associer jusqu'à 50 balises à cette version du flux de travail.

9. Choisissez Suivant.

10. Sur la page Ajouter des paramètres de flux de travail (facultatif), sélectionnez la source du paramètre :

    1. Pour Parse from fichier de définition de flux de travail, HealthOmics analysera automatiquement les paramètres du flux de travail à partir du fichier de définition de flux de travail.

    2. Pour Provide parameter template from Git repository, utilisez le chemin d'accès au fichier de modèle de paramètres depuis votre dépôt.

    3. Pour Select JSON file from local source, téléchargez un JSON fichier depuis une source locale qui spécifie les paramètres.

    4. Pour saisir manuellement les paramètres du flux de travail, entrez manuellement les noms et les descriptions des paramètres.

11. Dans le panneau d'aperçu des paramètres, vous pouvez consulter ou modifier les paramètres de cette version du flux de travail. Si vous restaurez le JSON fichier, vous perdrez toutes les modifications locales que vous avez apportées.

12. Choisissez Suivant.

13. Vérifiez la configuration de la version, puis choisissez Créer une version.

Lorsque la version est créée, la console revient à la page détaillée du flux de travail et affiche la nouvelle version dans le tableau des flux de travail et des versions.

Création d'une version de flux de travail à l'aide de la CLI

Vous pouvez créer une version du flux de travail à l'aide de CreateWorkflowVersion l'opération API. Pour les paramètres facultatifs, HealthOmics utilise les valeurs par défaut suivantes :

Paramètre	Par défaut
Engine	Déterminé à partir de la définition du flux de travail
Type de stockage	STATIC
Capacité de stockage (pour le stockage statique)	1200 GiB
Principal	Déterminé en fonction du contenu du dossier de définition du flux de travail. Pour en savoir plus, consultez HealthOmics exigences de définition du flux de travail.
Accélérateurs	none
Balises	none

L'exemple de CLI suivant crée une version de flux de travail avec le stockage statique comme stockage d'exécution par défaut :

aws omics create-workflow-version \
--workflow-id 1234567  \
--version-name "my_version" \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--description "my version description" \
--main file://workflow-params.json \
--parameter-template file://workflow-params.json \
--storage-type='STATIC'   \
--storage-capacity 1200   \
--tags example123=string  \
--accelerators GPU

Si le fichier de définition de votre flux de travail se trouve dans un dossier Amazon S3, entrez l'emplacement en utilisant le definition-uri paramètre au lieu dedefinition-zip. Pour plus d'informations, consultez CreateWorkflowVersionle manuel de référence des HealthOmics API AWS.

Vous recevez la réponse suivante à la create-workflow-version demande.

{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "my_version",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3",
  "status": "ACTIVE",
  "tags": {
    "environment": "production",
    "owner": "team-alpha"
  },
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}   

Création d'une version de flux de travail à l'aide d'un SDK

Vous pouvez créer un flux de travail à l'aide de l'un des SDKs.

L'exemple suivant montre comment créer une version de flux de travail à l'aide du SDK Python

import boto3

omics = boto3.client('omics')

with open('definition.zip', 'rb') as f:
   definition = f.read()

response = omics.create_workflow_version(
   workflowId='1234567',
   versionName='my_version',
   requestId='my_request_1'
   definitionZip=definition,
   parameterTemplate={ ... }
)     

Vérifier le statut d'une version du flux de travail

Après avoir créé la version de votre flux de travail, vous pouvez vérifier le statut et consulter d'autres détails du flux de travail à l'aide get-workflow-versionde ce qui suit :

aws omics get-workflow-version 
--workflow-id 9876543
--version-name "my_version"

La réponse vous donne les détails de votre flux de travail, y compris le statut, comme indiqué.

{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "3.0.0",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3.0.0",
  "status": "ACTIVE",
  "description": ...
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}   

Avant de pouvoir démarrer une exécution avec cette version du flux de travail, le statut doit passer àACTIVE.