Buat alur kerja pribadi

Buat alur kerja menggunakan HealthOmics konsol, perintah AWS CLI, atau salah satu. AWS SDKs

catatan

Jangan sertakan informasi identitas pribadi (PII) apa pun dalam nama alur kerja. Nama-nama ini terlihat di CloudWatch log.

Saat Anda membuat alur kerja, HealthOmics tetapkan pengenal unik universal (UUID) ke alur kerja. UUID alur kerja adalah Pengenal Unik Global (panduan) yang unik di seluruh alur kerja dan versi alur kerja. Untuk tujuan asal data, kami menyarankan Anda menggunakan UUID alur kerja untuk mengidentifikasi alur kerja secara unik.

Membuat alur kerja menggunakan konsol

Langkah-langkah untuk membuat alur kerja

1. Buka konsol HealthOmics .

2. Pilih panel navigasi (≡) di kiri atas, dan pilih Alur kerja pribadi.

3. Pada halaman alur kerja pribadi, pilih Buat alur kerja.

4. Pada halaman Tentukan alur kerja, berikan informasi berikut:

   1. Nama alur kerja: Nama khas untuk alur kerja ini. Sebaiknya setel nama alur kerja untuk mengatur proses Anda di AWS HealthOmics konsol dan CloudWatch log.

   2. Deskripsi (opsional): Deskripsi alur kerja ini.

5. Di panel definisi Alur Kerja, berikan informasi berikut:

   1. Bahasa alur kerja (opsional): Pilih bahasa spesifikasi alur kerja. Jika tidak, HealthOmics tentukan bahasa dari definisi alur kerja.

   2. Untuk sumber definisi Alur Kerja, pilih untuk mengimpor folder definisi dari repositori berbasis Git, lokasi Amazon S3, atau dari drive lokal.

      1. Untuk Impor dari layanan repositori:

         catatan

         HealthOmics mendukung repositori publik dan pribadi untukGitHub,,, GitLabBitbucket,GitHub self-managed. GitLab self-managed

         1. Pilih Koneksi untuk menghubungkan AWS sumber daya Anda ke repositori eksternal. Untuk membuat koneksi, lihatConnect dengan repositori kode eksternal.

            catatan

            Pelanggan di TLV wilayah tersebut perlu membuat koneksi di wilayah IAD (us-east-1) untuk membuat alur kerja.

         2. Dalam ID repositori lengkap, masukkan ID repositori Anda sebagai nama pengguna/repo-nama. Pastikan Anda memiliki akses ke file di repositori ini.

         3. Dalam referensi Sumber (opsional), masukkan referensi sumber repositori (cabang, tag, atau ID komit). HealthOmics menggunakan cabang default jika tidak ada referensi sumber yang ditentukan.

         4. Di Kecualikan pola file, masukkan pola file untuk mengecualikan folder, file, atau ekstensi tertentu. Ini membantu mengelola ukuran data saat mengimpor file repositori. Ada maksimal 50 pola, dan pola harus mengikuti sintaks pola glob. Misalnya:

            1. tests/

            2. *.jpeg

            3. large_data.zip

      2. Untuk Pilih folder definisi dari S3:

         1. Masukkan lokasi Amazon S3 yang berisi folder definisi alur kerja zip. Bucket Amazon S3 harus berada di wilayah yang sama dengan alur kerja.

         2. Jika akun Anda tidak memiliki bucket Amazon S3, masukkan ID akun pemilik bucket di ID AWS akun pemilik bucket S3. Informasi ini diperlukan agar HealthOmics dapat memverifikasi kepemilikan bucket.

      3. Untuk Pilih folder definisi dari sumber lokal:

         1. Masukkan lokasi drive lokal dari folder definisi alur kerja zip.

   3. Jalur file definisi alur kerja utama (opsional): Masukkan jalur file dari folder definisi alur kerja zip atau repositori ke file. main Parameter ini tidak diperlukan jika hanya ada satu file di folder definisi alur kerja, atau jika file utama diberi nama “main”.

6. Di panel file README (opsional), berikan informasi berikut:

   1. Pilih Sumber file README.

      1. Untuk Impor dari layanan repositori, di jalur file README, masukkan path ke file README dalam repositori.

      2. Untuk Pilih file dari S3, dalam file README di S3, masukkan URI Amazon S3 untuk file README.

      3. Untuk Pilih file dari sumber lokal: dalam file README dari sumber lokal, unggah file README dari sumber lokal.

   2. Di jalur file README, masukkan path ke file README di sumbernya.

7. Di panel konfigurasi penyimpanan run default, berikan tipe penyimpanan run default dan kapasitas untuk menjalankan yang menggunakan alur kerja ini:

   1. Jalankan jenis penyimpanan: Pilih apakah akan menggunakan penyimpanan statis atau dinamis sebagai default untuk penyimpanan berjalan sementara. Defaultnya adalah penyimpanan statis.

   2. Jalankan kapasitas penyimpanan (opsional): Untuk jenis penyimpanan run statis, Anda dapat memasukkan jumlah default penyimpanan run yang diperlukan untuk alur kerja ini. Nilai default untuk parameter ini adalah 1200 GiB. Anda dapat mengganti nilai default ini saat memulai proses.

8. Tag (opsional): Anda dapat mengaitkan hingga 50 tag dengan alur kerja ini.

9. Pilih Berikutnya.

10. Pada halaman Tambahkan parameter alur kerja (opsional), pilih sumber Parameter:

    1. Untuk Parse dari file definisi alur kerja, secara otomatis HealthOmics akan mengurai parameter alur kerja dari file definisi alur kerja.

    2. Untuk menyediakan template parameter dari repositori Git, gunakan path ke file template parameter dari repositori Anda.

    3. Untuk Pilih file JSON dari sumber lokal, unggah JSON file dari sumber lokal yang menentukan parameter.

    4. Untuk Masukkan parameter alur kerja secara manual, masukkan nama dan deskripsi parameter secara manual.

11. Di panel pratinjau Parameter, Anda dapat meninjau atau mengubah parameter untuk versi alur kerja ini. Jika Anda mengembalikan JSON file, Anda kehilangan perubahan lokal yang Anda buat.

12. Pilih Berikutnya.

13. Tinjau konfigurasi alur kerja, lalu pilih Buat alur kerja.

Membuat alur kerja menggunakan CLI

Setelah Anda menentukan alur kerja dan parameter, Anda dapat membuat alur kerja menggunakan CLI seperti yang ditunjukkan.

aws omics create-workflow  \
  --name "my_workflow"   \
  --definition-zip fileb://my-definition.zip \
  --parameter-template file://my-parameter-template.json 

Jika file definisi alur kerja Anda terletak di folder Amazon S3, masukkan lokasi menggunakan parameter, definition-uri bukan. definition-zip Untuk informasi selengkapnya, lihat CreateWorkflowdi AWS HealthOmics API Referensi.

create-workflowPermintaan merespons dengan yang berikut:

{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....",
  "id": "1234567",
  "status": "CREATING",
  "tags": {
      "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:...."
  },
  "uuid": "64c9a39e-8302-cc45-0262-2ea7116d854f"
}   

Parameter opsional untuk digunakan saat membuat alur kerja

Anda dapat menentukan salah satu parameter opsional saat membuat alur kerja. Untuk informasi selengkapnya, lihat CreateWorkflowdi AWS HealthOmics API Referensi.

Jika Anda menyertakan beberapa file definisi alur kerja, gunakan main parameter untuk menentukan file mana yang merupakan file definisi utama untuk alur kerja Anda.

Jika Anda mengunggah file definisi alur kerja ke folder Amazon S3, tentukan lokasi menggunakan parameter, seperti definition-uri yang ditunjukkan pada contoh berikut. Jika akun Anda tidak memiliki bucket Amazon S3, berikan ID pemiliknya. Akun AWS

aws omics create-workflow  \
  --name Test  \
  --main multi_workflow/workflow2.wdl  \
  --definition-uri s3://omics-bucket/workflow-definition/  \
  --owner-id  123456789012  \
  --parameter-template file://params_sample_description.json 

Anda dapat menentukan jenis penyimpanan run default (DYNAMIC atau STATIC) dan menjalankan kapasitas penyimpanan (diperlukan untuk penyimpanan statis). Untuk informasi selengkapnya tentang menjalankan jenis penyimpanan, lihatJalankan jenis penyimpanan dalam HealthOmics alur kerja.

aws omics create-workflow  \
  --name my_workflow   \
  --definition-zip fileb://my-definition.zip \
  --parameter-template file://my-parameter-template.json   \
  --storage-type 'STATIC'  \
  --storage-capacity 1200  \

Gunakan parameter akselerator untuk membuat alur kerja yang berjalan pada instance komputasi yang dipercepat. Contoh berikut menunjukkan bagaimana menggunakan --accelerators parameter.

aws omics create-workflow --name workflow name \
   --definition-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1/GPUWorkflow.zip \
   --accelerators GPU  

Membuat alur kerja menggunakan SDK

Anda dapat membuat alur kerja menggunakan salah satu. SDKs Contoh berikut menunjukkan cara membuat alur kerja menggunakan Python SDK

import boto3

omics = boto3.client('omics')

with open('definition.zip', 'rb') as f:
   definition = f.read()

response = omics.create_workflow(
   name='my_workflow',
   definitionZip=definition,
   parameterTemplate={ ... }
)