Mereferensikan file genom dari definisi alur kerja

Objek penyimpanan HealthOmics referensi dapat dirujuk dengan URI seperti berikut ini. Gunakan milik Anda sendiriaccount ID,reference store ID, dan reference ID di mana ditunjukkan.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id            

Beberapa alur kerja akan memerlukan INDEX file SOURCE dan file untuk genom referensi. URI sebelumnya adalah bentuk pendek default dan akan default ke file SOURCE. Untuk menentukan salah satu file, Anda dapat menggunakan formulir URI panjang, sebagai berikut.

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

Menggunakan set baca urutan akan memiliki pola yang sama, seperti yang ditunjukkan.

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json 

Beberapa set baca, seperti yang didasarkan pada FASTQ, dapat berisi pembacaan berpasangan. Dalam contoh berikut, mereka disebut sebagai SOURCE1 dan SOURCE2. Format seperti BAM dan CRAM hanya akan memiliki SOURCE1 file. Beberapa set baca akan berisi file INDEX seperti bai atau crai file. URI sebelumnya adalah bentuk pendek default dan akan default ke file. SOURCE1 Untuk menentukan file atau indeks yang tepat, Anda dapat menggunakan formulir URI panjang, sebagai berikut.

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

Berikut ini adalah contoh file JSON input yang menggunakan dua Omics Storage. URIs

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}   

Referensikan file JSON input di AWS CLI dengan menambahkan permintaan --inputs file://<input_file.json> start-run Anda.