Membuat HealthOmics penyimpanan urutan

HealthOmics penyimpanan urutan mendukung penyimpanan file genom dalam format yang tidak selaras FASTQ (hanya gzip) dan. uBAM Ini juga mendukung format yang selaras dari BAM danCRAM.

File yang diimpor disimpan sebagai set baca. Anda dapat menambahkan tag untuk membaca kumpulan dan menggunakan kebijakan IAM untuk mengontrol akses ke kumpulan baca. Kumpulan baca yang selaras memerlukan genom referensi untuk menyelaraskan urutan genom, tetapi itu opsional untuk set baca yang tidak selaras.

Untuk menyimpan set baca, pertama-tama Anda membuat penyimpan urutan. Saat membuat penyimpanan urutan, Anda dapat menentukan bucket Amazon S3 opsional sebagai lokasi fallback dan lokasi penyimpanan log akses S3. Lokasi fallback digunakan untuk menyimpan file apa pun yang gagal membuat kumpulan baca selama unggahan langsung. Lokasi fallback tersedia untuk toko urutan yang dibuat setelah 15 Mei 2023. Anda menentukan lokasi fallback saat Anda membuat urutan penyimpanan.

Anda dapat menentukan hingga lima kunci tag set baca. Saat Anda membuat atau memperbarui kumpulan baca dengan kunci tag yang cocok dengan salah satu kunci ini, tag set baca disebarkan ke objek Amazon S3 yang sesuai. Tag sistem yang dibuat oleh HealthOmics disebarkan secara default.

Membuat penyimpanan urutan menggunakan konsol

Untuk membuat penyimpan urutan

1. Buka konsol HealthOmics .

2. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih S equence stores.

3. Pada halaman Buat urutan penyimpanan, berikan informasi berikut

   • Nama toko urutan - Nama unik untuk toko ini.

   • Deskripsi (opsional) - Deskripsi penyimpanan urutan ini.

4. Untuk lokasi Fallback di S3, tentukan lokasi Amazon S3. HealthOmics menggunakan lokasi fallback untuk menyimpan file apa pun yang gagal membuat kumpulan baca selama upload langsung. Anda perlu memberikan akses tulis HealthOmics layanan ke lokasi fallback Amazon S3. Untuk contoh kebijakan, lihat Konfigurasikan lokasi fallback.

   Lokasi fallback tidak tersedia untuk toko urutan yang dibuat sebelum 16 Mei 2023.

5. (Opsional) Untuk kunci tag set baca untuk propagasi S3, Anda dapat memasukkan hingga lima kunci set baca untuk disebarkan dari kumpulan baca ke Objek S3 yang mendasarinya. Dengan menyebarkan tag dari kumpulan baca ke objek S3, Anda dapat memberikan izin akses S3 berdasarkan tag pengguna and/or akhir untuk melihat tag yang disebarkan melalui operasi Amazon S3 get ObjectTagging API.

   1. Masukkan satu nilai kunci di kotak teks. Konsol membuat kotak teks baru untuk menambahkan kunci berikutnya.

   2. (Opsional) Pilih Hapus untuk menghapus semua tombol.

6. Di bawah Enkripsi Data, pilih apakah Anda ingin enkripsi data dimiliki dan dikelola oleh AWS atau menggunakan CMK yang dikelola pelanggan.

7. (Opsional) Di bawah Ak ses Data S3, pilih apakah akan membuat peran dan kebijakan baru untuk mengakses penyimpanan urutan melalui Amazon S3.

8. (Opsional) Untuk logging akses S3, pilih Enabled apakah Anda ingin Amazon S3 mengumpulkan catatan log akses.

   Untuk lokasi logging Akses di S3, tentukan lokasi Amazon S3 untuk menyimpan log. Bidang ini hanya terlihat jika Anda mengaktifkan logging akses S3.

9. Tag (opsional) - Berikan hingga 50 tag untuk penyimpanan urutan ini. Tag ini terpisah dari tag set baca yang disetel selama import/tag pembaruan set baca

Setelah Anda membuat toko, itu siapMengimpor file genom.

Membuat penyimpanan urutan menggunakan CLI

Dalam contoh berikut, ganti sequence store name dengan nama yang Anda pilih untuk penyimpanan urutan Anda.

aws omics create-sequence-store --name sequence store name --fallback-location "s3://amzn-s3-demo-bucket"  

Anda menerima respons berikut dalam JSON, yang mencakup nomor ID untuk penyimpanan urutan yang baru dibuat.

{
    "id": "3936421177",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
    "name": "sequence_store_example_name",
    "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z"
    "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket"
}    

Anda juga dapat melihat semua penyimpanan urutan yang terkait dengan akun Anda dengan menggunakan perintah list-sequence-stores, seperti yang ditunjukkan di bawah ini.

aws omics list-sequence-stores

Anda menerima tanggapan berikut.

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:111122223333:sequenceStore/3936421177",
            "id": "3936421177",
            "name": "MySequenceStore",
            "creationTime": "2022-07-13T20:09:26.038Z",
            "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
            "fallbackLocation" : "s3://amzn-s3-demo-bucket",
            "status": "Active"
        }
    ]
}      

Anda dapat menggunakan get-sequence-store untuk mempelajari lebih lanjut tentang penyimpanan urutan dengan menggunakan ID-nya, seperti yang ditunjukkan pada contoh berikut:

aws omics get-sequence-store --id sequence store ID                             

Anda menerima tanggapan berikut:

{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/sequencestoreID",
  "creationTime": "2024-01-12T04:45:29.857Z",
  "updatedTime": "2024-09-13T04:11:31.242Z",
  "description": null,
  "fallbackLocation": null,
  "id": "2015356892",
  "name": "MySequenceStore",
  "s3Access": {
      "s3AccessPointArn": "arn:aws:s3:us-west-2:123456789012:accesspoint/592761533288-2015356892",
      "s3Uri": "s3://592761533288-2015356892-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/",
      "accessLogLocation": "s3://IAD-seq-store-log/2015356892/"
  },
  "sseConfig": {
      "keyArn": "arn:aws:kms:us-west-2:123456789012:key/eb2b30f5-635d-4b6d-b0f9-d3889fe0e648",
      "type": "KMS"
  },
  "status": "Active",
  "statusMessage": null,
  "setTagsToSync": ["withdrawn","protocol"],
}                    

Setelah pembuatan, beberapa parameter toko juga dapat diperbarui. Ini dapat dilakukan melalui Konsol atau updateSequenceStore operasi API.

Memperbarui penyimpanan urutan

Untuk memperbarui penyimpanan urutan, ikuti langkah-langkah ini:

1. Buka konsol HealthOmics .

2. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih S equence stores.

3. Pilih penyimpanan urutan untuk diperbarui.

4. Di panel Detail, pilih Edit.

5. Pada halaman Edit detail, Anda dapat memperbarui bidang berikut:

   • Nama toko urutan - Nama unik untuk toko ini.

   • Deskripsi - Deskripsi toko urutan ini.

   • Lokasi fallback di S3, tentukan lokasi Amazon S3. HealthOmics menggunakan lokasi fallback untuk menyimpan file apa pun yang gagal membuat kumpulan baca selama upload langsung.

   • Baca kunci set tag untuk propagasi S3 Anda dapat memasukkan hingga lima kunci set baca untuk disebarkan ke Amazon S3.

   • (Opsional) Untuk logging akses S3, pilih Enabled apakah Anda ingin Amazon S3 mengumpulkan catatan log akses.

     Untuk lokasi logging Akses di S3, tentukan lokasi Amazon S3 untuk menyimpan log. Bidang ini hanya terlihat jika Anda mengaktifkan logging akses S3.

   • Tag (opsional) - Berikan hingga 50 tag untuk penyimpanan urutan ini.

Memperbarui tag set baca untuk penyimpanan urutan

Untuk memperbarui tag set baca atau bidang lain untuk penyimpanan urutan, ikuti langkah-langkah ini:

1. Buka konsol HealthOmics .

2. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih S equence stores.

3. Pilih penyimpanan urutan yang ingin Anda perbarui.

4. Pilih tab Detail.

5. Pilih Edit.

6. Tambahkan tag set baca baru atau hapus tag yang ada, sesuai kebutuhan.

7. Perbarui nama, deskripsi, lokasi fallback, atau akses data S3, sesuai kebutuhan.

8. Pilih Simpan perubahan.

Mengimpor file genom

Untuk mengimpor file genom ke penyimpanan urutan, ikuti langkah-langkah ini:

Untuk mengimpor file genomik

1. Buka konsol HealthOmics .

2. Jika diperlukan, buka panel navigasi kiri (≡). Pilih pilih S equence stores.

3. Pada halaman Sequence stores, pilih urutan penyimpanan tempat Anda ingin mengimpor file Anda.

4. Pada halaman penyimpanan urutan individu, pilih Impor file genom.

5. Pada halaman Tentukan detail impor, berikan informasi berikut

   • Peran IAM - Peran IAM yang dapat mengakses file genom di Amazon S3.

   • Genom referensi - Genom referensi untuk data genomik ini.

6. Pada halaman T entukan manifes impor, tentukan file Manifest informasi berikut. File manifes adalah file JSON atau YAML yang menjelaskan informasi penting dari data genomik Anda. Untuk informasi tentang file manifes, lihatMengimpor kumpulan baca ke dalam HealthOmics penyimpanan urutan.

7. Klik Buat pekerjaan impor.