Mengekspor set HealthOmics baca ke bucket Amazon S3

Anda dapat mengekspor set baca sebagai pekerjaan ekspor batch ke bucket Amazon S3. Untuk melakukannya, pertama-tama buat kebijakan IAM yang memiliki akses tulis ke bucket, mirip dengan contoh kebijakan IAM berikut.

JSON

{
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}                    

JSON

{
"Version": "2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}                  

Setelah kebijakan IAM diberlakukan, mulailah pekerjaan ekspor set baca Anda. Contoh berikut menunjukkan cara melakukannya dengan menggunakan operasi start-read-set-export-job API. Dalam contoh berikut, ganti semua parameter, sepertisequence store ID,,destination, dan role ARNsources, dengan masukan Anda.

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2                    

Anda menerima respons berikut dengan informasi tentang toko urutan asal dan bucket Amazon S3 tujuan.

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}                    

Setelah pekerjaan dimulai, Anda dapat menentukan statusnya dengan menggunakan operasi get-read-set-export-job API, seperti yang ditunjukkan pada berikut ini. Ganti sequence store ID dan job ID dengan ID toko urutan dan ID pekerjaan Anda, masing-masing.

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

Anda dapat melihat semua pekerjaan ekspor yang diinisialisasi untuk penyimpanan urutan dengan menggunakan operasi API list-read-set-export-jobs, seperti yang ditunjukkan di bawah ini. Ganti sequence store ID dengan ID toko urutan Anda.

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.

{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}        

Selain mengekspor set baca Anda, Anda juga dapat membagikannya dengan menggunakan akses Amazon URIs S3. Untuk mempelajari informasi lebih lanjut, lihat Mengakses set HealthOmics baca dengan Amazon S3 URIs.