Sumber daya tugas dalam definisi HealthOmics alur kerja

Dalam definisi alur kerja, tentukan hal berikut untuk setiap tugas:

• Gambar kontainer untuk tugas. Untuk informasi selengkapnya, lihat Gambar kontainer di Amazon ECR untuk alur kerja pribadi.

• Jumlah CPUs dan memori yang dibutuhkan untuk tugas tersebut. Untuk informasi selengkapnya, lihat Persyaratan komputasi dan memori untuk tugas HealthOmics .

HealthOmics mengabaikan spesifikasi penyimpanan per tugas apa pun. HealthOmics menyediakan penyimpanan run yang dapat diakses oleh semua tugas dalam proses. Untuk informasi selengkapnya, lihat Jalankan jenis penyimpanan dalam HealthOmics alur kerja.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
   }
   ...
}          

Untuk alur kerja WDL, HealthOmics mencoba hingga dua percobaan ulang untuk tugas yang gagal karena kesalahan layanan (permintaan API mengembalikan kode status HTTP 5XX). Untuk informasi selengkapnya tentang percobaan ulang tugas, lihatTugas Mencoba.

Anda dapat memilih keluar dari perilaku coba lagi dengan menentukan konfigurasi berikut untuk tugas dalam file definisi WDL:

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes