Sumber daya tugas di a HealthOmics definisi alur kerja

Dalam definisi alur kerja, tentukan hal berikut untuk setiap tugas:

• Gambar wadah untuk tugas. Untuk informasi selengkapnya, lihat Gambar kontainer untuk alur kerja pribadi.

• Jumlah CPU dan memori yang diperlukan untuk tugas tersebut. Untuk informasi selengkapnya, lihat Persyaratan komputasi dan memori untuk tugas HealthOmics.

• Penyimpanan fana per tugas opsional yang dapat digunakan tugas di /tmp saat diaktifkan untuk lari. Untuk informasi selengkapnya, lihat Penyimpanan sementara untuk tugas alur kerja HealthOmics.

HealthOmics menyediakan penyimpanan run yang dapat diakses oleh semua tugas dalam proses. Untuk informasi selengkapnya, lihat Jalankan jenis penyimpanan dalam HealthOmics alur kerja.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
      disks: "100 GiB"                 # optional
   }
   ...
}          

Untuk alur kerja WDL, HealthOmics mencoba hingga dua kali percobaan ulang untuk tugas yang gagal karena kesalahan layanan (permintaan API mengembalikan kode status HTTP 5XX). Untuk informasi selengkapnya tentang percobaan ulang tugas, lihat Tugas Mencoba Ulang.

Anda dapat memilih keluar dari perilaku coba lagi dengan menentukan konfigurasi berikut untuk tugas dalam file definisi WDL:

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   disk '100 GB'                       // optional
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes
        tmpdirMin: 102400 # 100 gibibytes expressed in mebibytes