Isi cache run

HealthOmics mengatur cache run Anda dengan struktur berikut di bucket S3 Anda:

s3://{cache.S3location}/{cache.uuid}/runID/taskID/{cacheentry.uuid}/

Cache.uuid adalah id unik global untuk cache. Cacheentry.uuid adalah uuid unik secara global untuk tugas yang di-cache. HealthOmics menugaskan uuid ke cache dan tugas.

Untuk semua mesin alur kerja, cache berisi file-file berikut:

• {cacheentryuuid}.jsonFile - HealthOmics membuat file manifes ini, yang berisi informasi tentang cache, termasuk daftar semua item dalam cache, dan versi cache.

• File output tugas - Setiap output tugas terdiri dari satu atau lebih file, seperti yang didefinisikan oleh tugas.

Untuk alur kerja yang menggunakan Nextflow, mesin Nextflow membuat file tambahan ini dalam cache:

• command.outFile - File ini berisi isi stdout eksekusi tugas.

• .exitcodeFile - File ini berisi kode keluar tugas (integer).

catatan

Jika Anda ingin mengakses file tugas perantara di cache run untuk pemecahan masalah lanjutan, deklarasikan file ini sebagai output tugas dalam definisi alur kerja.