Fitur caching khusus mesin

HealthOmics mencoba memberikan implementasi caching panggilan yang konsisten di seluruh mesin alur kerja. Ada beberapa perbedaan berdasarkan bagaimana setiap mesin alur kerja menangani kasus tertentu:

• Alur berikutnya

  • Caching di berbagai versi Nextflow tidak dijamin. Misalnya, jika Anda menjalankan tugas di v23.10.0 dan kemudian menjalankan tugas yang sama di v24.10.8, HealthOmics mungkin menganggap proses kedua sebagai cache yang hilang.

  • Anda dapat mematikan caching untuk tugas individual dengan menggunakan false direktif cache. Untuk informasi tentang arahan ini, lihat Proses dalam spesifikasi Nextflow.

  • HealthOmics menggunakan mode lunak Nextflow, tetapi tidak mendukung mode cache dalam.

  • Caching mengevaluasi setiap objek S3 individu jika Anda menggunakan pola glob di jalur S3 ke input untuk tugas. Jika Anda menambahkan objek baru, HealthOmics hitung ulang hanya tugas yang menggunakan objek baru.

  • HealthOmics tidak men-cache percobaan ulang tugas. Perilaku ini konsisten dengan perilaku default Nextflow.

• WDL

  • HealthOmics mendukung jenis “direktori” baru untuk input saat Anda menggunakan versi pengembangan alur kerja WDL. Untuk caching panggilan, jika ada objek di direktori yang berubah, HealthOmics hitung ulang semua tugas yang memasukkan direktori.

  • HealthOmics mendukung caching tingkat tugas, tetapi bukan caching tingkat alur kerja.

• CWL

  • Output konstan dari tugas tidak terlihat secara eksplisit dari manifes. HealthOmics cache output konstan sebagai file perantara.