HealthOmics persyaratan definisi alur kerja

File definisi HealthOmics alur kerja harus memenuhi persyaratan berikut:

• Tugas harus menentukan input/output parameter, repositori kontainer Amazon ECR, dan spesifikasi runtime seperti memori atau alokasi CPU.

• Verifikasi bahwa peran IAM Anda memiliki izin yang diperlukan.

  • Alur kerja Anda memiliki akses ke data input dari AWS sumber daya, seperti Amazon S3.

  • Alur kerja Anda memiliki akses ke layanan repositori eksternal bila diperlukan.

• Deklarasikan file output dalam definisi alur kerja. Untuk menyalin file run perantara ke lokasi output, deklarasikan sebagai output alur kerja.

• Lokasi input dan output harus berada di Wilayah yang sama dengan alur kerja.

• HealthOmics input alur kerja penyimpanan harus dalam ACTIVE status. HealthOmics tidak akan mengimpor input dengan ARCHIVED status, menyebabkan alur kerja gagal. Untuk informasi tentang input objek Amazon S3, lihat. HealthOmics jalankan input

• mainLokasi alur kerja bersifat opsional jika arsip ZIP Anda berisi definisi alur kerja tunggal atau file bernama 'utama'.

  • Contoh jalur: workflow-definition/main-file.wdl

• Sebelum Anda membuat alur kerja dari Amazon S3 atau drive lokal Anda, buat arsip zip file definisi alur kerja dan dependensi apa pun, seperti subalur kerja.

• Kami menyarankan Anda mendeklarasikan container Amazon ECR dalam alur kerja sebagai parameter input untuk validasi izin Amazon ECR.

Pertimbangan Nextflow tambahan:

• /bin

  Definisi alur kerja Nextflow dapat mencakup folder/bin dengan skrip yang dapat dieksekusi. Jalur ini memiliki akses read-only plus executable ke tugas. Tugas yang mengandalkan skrip ini harus menggunakan wadah yang dibangun dengan interpreter skrip yang sesuai. Praktik terbaik adalah memanggil penerjemah secara langsung. Misalnya:

  process my_bin_task {
     ...
     script:
        """
        python3 my_python_script.py
        """
  }       
          

• includeConfig

  Definisi alur kerja berbasis NextFlow dapat menyertakan file nextflow.config yang membantu mengabstraksi definisi parameter atau memproses profil sumber daya. Untuk mendukung pengembangan dan eksekusi pipeline Nextflow di beberapa lingkungan, gunakan konfigurasi HealthOmics -spesifik yang Anda tambahkan ke konfigurasi global menggunakan direktif includeConfig. Untuk mempertahankan portabilitas, konfigurasikan alur kerja untuk menyertakan file hanya saat dijalankan HealthOmics dengan menggunakan kode berikut:

  // at the end of the nextflow.config file
  if ("$AWS_WORKFLOW_RUN") {
      includeConfig 'conf/omics.config'
  }       

• Reports

  HealthOmics tidak mendukung laporan dag, trace, dan eksekusi yang dihasilkan mesin. Anda dapat menghasilkan alternatif untuk laporan penelusuran dan eksekusi menggunakan kombinasi panggilan GetRunTask API GetRun dan.

Pertimbangan CWL tambahan:

• Container image uri interpolation

  HealthOmics memungkinkan properti DockerPull DockerRequirement untuk menjadi ekspresi javascript inline. Misalnya:

  requirements:
    DockerRequirement:
      dockerPull: "$(inputs.container_image)"  

  Ini memungkinkan Anda untuk menentukan gambar kontainer URIs sebagai parameter input ke alur kerja.

• Javascript expressions

  Ekspresi Javascript harus strict mode sesuai.

• Operation process

  HealthOmics tidak mendukung proses Operasi CWL.