Dukungan versi untuk bahasa definisi HealthOmics alur kerja

HealthOmics mendukung file definisi alur kerja yang ditulis dalam Nextflow, WDL, atau CWL. Bagian berikut memberikan informasi tentang dukungan HealthOmics versi untuk bahasa-bahasa ini.

Dukungan versi WDL

HealthOmics mendukung versi 1.0, 1.1, dan versi pengembangan spesifikasi WDL.

Setiap dokumen WDL harus menyertakan pernyataan versi untuk menentukan versi mana (mayor dan minor) dari spesifikasi yang dipatuhi. Untuk informasi selengkapnya tentang versi, lihat pembuatan versi WDL

Versi 1.0 dan 1.1 dari spesifikasi WDL tidak mendukung jenis. Directory Untuk menggunakan Directory tipe untuk input atau output, atur versi ke development baris pertama file:

version development  # first line of .wdl file
     ... remainder of the file ... 

Dukungan versi CWL

HealthOmics mendukung versi 1.0, 1.1, dan 1.2 dari bahasa CWL.

Anda dapat menentukan versi bahasa dalam file definisi alur kerja CWL. Untuk informasi selengkapnya tentang CWL, lihat panduan pengguna CWL

Dukungan versi Nextflow

HealthOmics mendukung tiga versi stabil Nextflow. Nextflow biasanya merilis versi stabil setiap enam bulan. HealthOmics tidak mendukung rilis “edge” bulanan.

HealthOmics mendukung fitur yang dirilis di setiap versi, tetapi tidak fitur pratinjau.

Versi yang didukung

HealthOmics mendukung versi Nextflow berikut:

• Nextflow v22.04.01 DSL 1 dan DSL 2

• Nextflow v23.10.0 DSL 2 (default)

• Nextflow v24.10.8 DSL 2

Untuk memigrasikan alur kerja Anda ke versi terbaru yang didukung (v24.10.8), ikuti panduan pemutakhiran Nextflow.

Ada beberapa perubahan yang mengganggu saat bermigrasi dari Nextflow v23 ke v24, seperti yang dijelaskan di bagian berikut dari panduan migrasi Nextflow:

• Melanggar perubahan di 24.04

• Melanggar perubahan di 24.10

Mendeteksi dan memproses versi Nextflow

HealthOmics mendeteksi versi DSL dan versi Nextflow yang Anda tentukan. Ini secara otomatis menentukan versi Nextflow terbaik untuk dijalankan berdasarkan input ini.

Versi DSL

HealthOmics mendeteksi versi DSL yang diminta dalam file definisi alur kerja Anda. Misalnya, Anda dapat menentukan:nextflow.enable.dsl=2.

HealthOmics mendukung DSL 2 secara default. Ini menyediakan kompatibilitas mundur dengan DSL 1, jika ditentukan dalam file definisi alur kerja Anda.

• Jika Anda menentukan DSL 2, HealthOmics jalankan Nextflow v23.10.0, kecuali Anda menentukan Nextflow v22.04.0 atau v24.10.8.

• Jika Anda menentukan DSL 1, HealthOmics jalankan Nextflow v22.04 DSL1 (satu-satunya versi yang didukung yang menjalankan DSL 1).

• Jika Anda tidak menentukan versi DSL, atau jika tidak HealthOmics dapat mengurai informasi DSL karena alasan apa pun (seperti kesalahan sintaks dalam file definisi alur kerja Anda), HealthOmics default ke DSL 2 dan menjalankan Nextflow v23.10.0.

• Untuk meningkatkan alur kerja Anda dari DSL 1 ke DSL 2 untuk memanfaatkan versi dan fitur perangkat lunak Nextflow terbaru, lihat Migrasi dari DSL 1.

Versi Nextflow

HealthOmics mendeteksi versi Nextflow yang diminta dalam file konfigurasi Nextflow (nextflow.config), jika Anda menyediakan file ini. Kami menyarankan Anda menambahkan nextflowVersion klausa di akhir file untuk menghindari penggantian tak terduga dari konfigurasi yang disertakan. Untuk informasi selengkapnya, lihat konfigurasi Nextflow.

Anda dapat menentukan versi Nextflow atau rentang versi menggunakan sintaks berikut:

   // exact match
   manifest.nextflowVersion = '1.2.3'   
            
   // 1.2 or later (excluding 2 and later)
   manifest.nextflowVersion = '1.2+'         
            
   // 1.2 or later
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2'
            
   // any version in the range 1.2 to 1.5
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2, <=1.5' 
            
   // use the "!" prefix to stop execution if the current version 
   // doesn't match the required version.
   manifest.nextflowVersion = '!>=1.2'            

HealthOmics memproses informasi versi Nextflow sebagai berikut:

• Jika Anda menggunakan = untuk menentukan versi persis yang HealthOmics mendukung, HealthOmics gunakan versi itu.

• Jika Anda menggunakan ! untuk menentukan versi yang tepat atau rentang versi yang tidak didukung, HealthOmics memunculkan pengecualian dan gagal dijalankan. Pertimbangkan untuk menggunakan opsi ini jika Anda ingin ketat dengan permintaan versi dan gagal dengan cepat jika permintaan menyertakan versi yang tidak didukung.

• Jika Anda menentukan rentang versi, HealthOmics gunakan versi terbaru yang didukung dalam rentang tersebut, kecuali rentang tersebut menyertakan v24.10.8. Dalam hal ini, HealthOmics berikan preferensi ke versi sebelumnya. Misalnya, jika rentang mencakup v23.10.0 dan v24.10.8, pilih v23.10.0. HealthOmics

• Jika tidak ada versi yang diminta, atau jika versi yang diminta tidak valid atau tidak dapat diuraikan karena alasan apa pun:

  • Jika Anda menentukan DSL 1, HealthOmics jalankan Nextflow v22.04.

  • Jika tidak, HealthOmics jalankan Nextflow v23.10.0.

Anda dapat mengambil informasi berikut tentang versi Nextflow yang HealthOmics digunakan untuk setiap proses:

• Log run berisi informasi tentang versi Nextflow aktual yang HealthOmics digunakan untuk menjalankan.

• HealthOmics menambahkan peringatan di log run jika tidak ada kecocokan langsung dengan versi yang Anda minta atau jika perlu menggunakan versi yang berbeda dari yang Anda tentukan.

• Respons terhadap operasi GetRun API menyertakan field (engineVersion) dengan versi Nextflow aktual yang HealthOmics digunakan untuk menjalankan. Misalnya:

  "engineVersion":"22.04.0"