Tersedia alur kerja Ready2Run di HealthOmics

Tabel berikut mencantumkan alur kerja Ready2Run yang tersedia di. HealthOmics

Anda dapat masuk ke HealthOmicskonsol untuk melihat informasi terperinci tentang alur kerja ini, termasuk parameter input dan diagram alur kerja. Untuk informasi harga tentang alur kerja Ready2Run, lihat Harga. HealthOmics

catatan

Setiap alur kerja Ready2Run memiliki ukuran file input maksimum. Ukuran file maksimum ini tidak dapat disesuaikan.

Nama alur kerja	Penerbit	Diperlukan langganan?	Ukuran file masukan maksimum (GiB)	Perkiraan waktu berjalan (HH: MM)
AlphaFold untuk 601-1200 residu	Google DeepMind	Tidak	1	11:15
AlphaFold hingga 600 residu	Google DeepMind	Tidak	1	7:30
Basis2Fastq untuk 2x150	Elemen Biosains	Tidak	1000	1:45
Basis2Fastq untuk 2x300	Elemen Biosains	Tidak	1000	1:30
Basis2Fastq untuk 2x75	Elemen Biosains	Tidak	500	0:45
ESMFold hingga 800 residu	Penelitian Meta	Tidak	1	0:15
GATK-BP fq2bam	Institut Luas	Tidak	64	10:10
GATK-BP Germline bam2vcf untuk genom 30x	Institut Luas	Tidak	39	2:45
GATK-BP Germline fq2vcf untuk genom 30x	Institut Luas	Tidak	64	12:30
GATK-BP Somatik WES bam2vcf	Institut Luas	Tidak	86	1:30
NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hingga 30X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	80	1:39
NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hingga 50X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	120	2:45
NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hingga 5X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	20	0:18
NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hingga 30X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	71	1:00
NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hingga 50X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	137	1:45
NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hingga 5X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	13	0:15
NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hingga 30X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	71	2:00
NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hingga 50X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	137	3:30
NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hingga 5X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	12	0:30
NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hingga 30X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	71	1:15
NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hingga 50X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	137	2:00
NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hingga 5X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	13	0:15
NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS hingga 50X	Perusahaan NVIDIA	Tidak	196	0:45
sc RNAseq dengan Kallisto BUStools	NF-inti	Tidak	119	1:30
sc RNAseq dengan Salmon Alevin-goreng	NF-inti	Tidak	119	2:30
sc RNAseq dengan STARsolo	NF-inti	Tidak	119	2:30
Sentieon Germline BAM WES hingga 300x	Sentieon, Inc.	Ya	9	1:00
Sentieon Germline BAM WGS hingga 32x	Sentieon, Inc.	Ya	18	1:30
Sentieon Germline FASTQ WES hingga 100x	Sentieon, Inc.	Ya	5	0:45
Sentieon Germline FASTQ WES hingga 300x	Sentieon, Inc.	Ya	26	2:00
Sentieon Germline FASTQ WGS hingga 32x	Sentieon, Inc.	Ya	51	3:30
Sentieon LongRead untuk ONT	Sentieon, Inc.	Ya	25	1:30
Sentieon LongRead untuk PacBio HiFi	Sentieon, Inc.	Ya	58	4:00
Sentieon Somatik WES	Sentieon, Inc.	Ya	50	2:30
Sentieon Somatik WGS	Sentieon, Inc.	Ya	113	4:30
Ultima Genomics hingga DeepVariant 40x	Genomik Ultima	Tidak	91	1:55

Saat Anda menggunakan alur kerja Ready2Run, alur kerja Anda sudah dikonfigurasi sebelumnya dan tidak dapat diedit. Berbeda dengan alur kerja pribadi, alur kerja Ready2Run tidak mendukung hal berikut:

• Meningkatkan ukuran file input maksimum

• Mengubah sumber daya komputasi atau menjalankan penyimpanan

• Mengubah definisi alur kerja atau kontainer

• Menambahkan run ke grup run

• Berbagi alur kerja

Jika penerbit telah membagikan alur kerja Ready2Run GitHub, Anda dapat membuat alur kerja pribadi Anda sendiri berdasarkan alur kerja Ready2Run. Tabel berikut menyediakan link ke GitHub alur kerja untuk setiap penerbit.

Penerbit	Alur kerja pada GitHub
Google DeepMind, Penelitian Meta	Alur kerja pelipatan protein
Elemen Biosains	Untuk informasi, hubungi Element Biosciences
Institut Luas	Alur kerja GATK
Perusahaan NVIDIA	Alur kerja parabricks
nf-inti	Alur kerja NF-Core
Sentimeon	Alur kerja Sentieon
Genomik Ultima	Alur kerja Ultima Genomics