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# Monitoraggio HealthOmics con CloudWatch registri
HealthOmics genera una serie di registri per aiutarti a comprendere e risolvere i problemi relativi alle tue corse. I log sono disponibili in due posti: CloudWatch e Amazon S3.
Per impostazione predefinita, le esecuzioni hanno la registrazione attivata. Facoltativamente, è possibile disattivare la registrazione per un'esecuzione impostandola `LogLevel = OFF` nella richiesta. **startrun**
**Nota**
Per gli aggiornamenti del servizio, configura e monitora il tuo [ Personal Health Dashboard. ](https://health.console.aws.amazon.com/health/home#/account/dashboard/open-issues) Per ulteriori informazioni su come gestire il dashboard, consulta [ Guida introduttiva a AWS Health Dashboard](https://docs.aws.amazon.com/health/latest/ug/getting-started-health-dashboard.html).
**Topics**
+ [Tipi di log per i HealthOmics flussi di lavoro](#log-descriptions)
+ [Effettua il login CloudWatch](#cloudwatch-logs)
+ [Effettua il login in Amazon S3](#s3-logs)
+ [CloudWatch Log interattivi nella CLI](#cloudwatch-logs-cli)
+ [Accesso ai CloudWatch log dalla console](#cloudwatch-logs-console)
## Tipi di log per i HealthOmics flussi di lavoro
HealthOmics fornisce i seguenti tipi di log per i flussi di lavoro:
+ Registri del motore: i log del motore, come `.nextflow.log` e `workflow.log` sono prodotti dai motori di flusso di lavoro sottostanti (Nextflow, WDL e CWL). Questi registri possono aiutarti a risolvere i problemi di definizione del flusso di lavoro.
+ Log del manifesto di esecuzione: questi registri forniscono informazioni di alto livello su ogni attività eseguita, come lo stato dell'attività, l'ora di inizio, l'ora di fine e il motivo dell'errore (se l'attività non è riuscita).
I registri del manifesto di esecuzione riportano anche statistiche sull'utilizzo delle risorse che possono essere utili per comprendere le opportunità di ottimizzazione delle risorse. Queste statistiche includono:
+ Media delle CPU
+ CPU massime
+ CPU riservate
+ GPU riservate
+ memoria B AverageGi
+ memoria MaximumGi B
+ memoria ReservedGi B
+ Secondi di esecuzione
Le metriche di esecuzione sono disponibili anche in tempo quasi reale tramite le metriche. CloudWatch OpenTelemetry Per ulteriori informazioni, consulta [Esegui metriche per flussi di lavoro privati](monitoring-run-metrics.md).
+ Registri di esecuzione: i registri di esecuzione forniscono lo stato generale dell'esecuzione e l'ora di avvio, esecuzione, interruzione e completamento delle singole attività. I registri di esecuzione offrono inoltre visibilità sulle fasi di importazione ed esportazione dei file.
+ Registri delle attività: i registri delle attività forniscono informazioni di registrazione dettagliate sulle singole attività in esecuzione. I risultati del registro delle attività dipendono dalla definizione dell'attività e da dove vengono utilizzate le istruzioni di registro nel codice. Se i registri delle attività non forniscono il livello di informazioni di cui hai bisogno, prendi in considerazione l'aggiunta di ulteriori istruzioni di registro alla definizione delle attività per produrre registri delle attività più approfonditi.
+ Log di esecuzione della cache: i log di esecuzione della cache forniscono lo stato generale delle cache di esecuzione e della memorizzazione nella cache degli output delle attività. I log di esecuzione della cache offrono visibilità sugli accessi e gli errori della cache per ogni esecuzione che utilizza la memorizzazione nella cache.
+ Outputs.json — Per i flussi di lavoro WDL e CWL, HealthOmics invia un file generato dal motore, denominato`outputs.json`, al bucket Amazon S3 dopo il completamento dell'esecuzione. Questo file include un elenco e una mappa di tutti gli output per l'esecuzione.
## Effettua il login CloudWatch
CloudWatch genera registri del flusso di lavoro per le esecuzioni non riuscite e le esecuzioni riuscite. Tutti i log sono disponibili per le esecuzioni riuscite e le esecuzioni non riuscite.
È possibile trovare i log del CloudWatch flusso di lavoro nel seguente gruppo di registri:`/aws/omics/WorkflowLog`. Inoltre, l'output dell'operazione ** API ** get-run fornisce gli ARN del flusso di CloudWatch log per i log del motore e i log di esecuzione.
Per impostazione predefinita, AWS mantiene i log a tempo indeterminato CloudWatch . È possibile modificare la politica di conservazione per il gruppo di log per impostare un periodo di conservazione compreso tra 10 anni e un giorno.
La tabella seguente fornisce un riepilogo degli CloudWatch accessi HealthOmics. Tutti i registri del flusso di lavoro sono disponibili per le esecuzioni riuscite e le esecuzioni non riuscite.
| Nome log | Disponibile nei CloudWatch registri | Quando è disponibile il registro | Formato del flusso di log |
| --- | --- | --- | --- |
| Log del motore | Sì | In tempo reale | esegui/ /engine {{runID}} |
| Esegui i log del manifesto | Sì | Dopo il completamento dell'esecuzione | manifest/run/{{runID}}/{{runUUID}} |
| Registri di esecuzione | Sì | In tempo reale | correre/ {{runID}} |
| Registri delle attività | Sì | In tempo reale | esegui/ /task/ {{runID}} {{taskID}} |
| Esegui i log della cache | Sì | In tempo reale | Esegui Cache//{{runCacheId}}{{runCacheUUID}} |
| Outputs.json (WDL e CWL) | No | n/a | n/a |
## Effettua il login in Amazon S3
Tra questi[Tipi di log per i HealthOmics flussi di lavoro](#log-descriptions), solo i log del motore e il `outputs.json` file vengono inviati ad Amazon S3.
Al termine di un'esecuzione, i log del motore vengono inviati al bucket S3 e sono disponibili a tempo indeterminato fino a quando non vengono eliminati. Questi registri si trovano nella directory dei log dell'URI di output S3 specificato per il flusso di lavoro.
Il percorso della directory dei log ha il seguente formato:`s3://{user_provided_path}/logs/`.
La tabella seguente fornisce un riepilogo dei HealthOmics log disponibili nel tuo bucket Amazon S3.
| Nome log | Disponibile in Amazon S3 | Quando è disponibile il registro | Percorso del log stream |
| --- | --- | --- | --- |
| Log del motore | Sì | Dopo il completamento dell'esecuzione | s3:///.log {{user\_provided\_path}} logs/engine |
| Outputs.json (WDL e CWL) | Sì | Al termine della corsa | s3://{{user\_provided\_path}}//{{runID}}/.json {{runUUID}} logs/outputs |
| Esegui registri manifest, registri di esecuzione e registri delle attività | No | n/a | n/a |
## CloudWatch Log interattivi nella CLI
È possibile visualizzare i CloudWatch log in modo interattivo utilizzando il comando Live Tail in modalità interattiva. Puoi monitorare i progressi dell'esecuzione in tempo reale e definire fino a 5 parole chiave da evidenziare nei log:
```
aws logs start-live-tail \
--mode interactive \
--log-group-identifiers arn:aws:logs:{{region}}:{{account-ID}}:log-group:/aws/omics/WorkflowLog
```
Per ulteriori informazioni, consulta [ Start live tail ](https://awscli.amazonaws.com/v2/documentation/api/latest/reference/logs/start-live-tail.html) nel AWS CLI Command Reference.
## Accesso ai CloudWatch log dalla console
Per accedere ai log di un'esecuzione, puoi collegarti direttamente a questi registri dalla ** pagina dei dettagli dell'**esecuzione nella HealthOmics console.
1. Apri la [HealthOmics console](https://console.aws.amazon.com/omics/).
1. Se necessario, apri il pannello di navigazione a sinistra (≡). Scegli ** Runs**.
1. Selezionate la corsa dalla tabella Esecuzioni.
1. Nella pagina dei dettagli dell'esecuzione, puoi scegliere una delle seguenti azioni:
1. Dal riepilogo dell'**esecuzione**, scegli ** Visualizza i registri delle esecuzioni**. La console apre i log delle esecuzioni nella CloudWatch console.
1. Da ** Run summary**, scegli ** Visualizza i log in Amazon S3**. La console apre la cartella dei log nella console Amazon S3.
1. Da ** Esegui attività**, scegli ** Visualizza registri**, ** Visualizza registri di esecuzione ** o ** Visualizza i registri del manifesto di esecuzione ** per un'attività. La console apre i log nella CloudWatch console.
Puoi anche accedere ai log dalla CloudWatch console:
1. Apri la CloudWatch console [ https://console.aws.amazon.com/cloudwatch/](https://console.aws.amazon.com/cloudwatch/).
1. Dal menu a sinistra, scegli Gruppi di ** log**.
1. Selezionare il gruppo `/aws/omics/WorkflowLog`.
Se l'elenco dei gruppi di log è lungo, puoi inserire ** omics ** nella casella di testo di ricerca per restringere l'elenco.
1. Quando si apre la ** pagina dei dettagli del gruppo di ** log, scegli il flusso di log che desideri visualizzare. La console mostra gli eventi per questo flusso di log.