Esportazione di set di HealthOmics lettura in un bucket Amazon S3

Puoi esportare i set di lettura come processo di esportazione in batch in un bucket Amazon S3. Per farlo, crea innanzitutto una policy IAM con accesso in scrittura al bucket, simile al seguente esempio di policy IAM.

JSON

{
  "Version": "2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}                    

JSON

{
"Version": "2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}                  

Una volta stabilita la policy IAM, inizia il processo di esportazione read set. L'esempio seguente mostra come eseguire questa operazione utilizzando l'operazione API start-read-set-export-job. Nell'esempio seguente, sostituisci tutti i parametri, comesequence store ID,destination, e role ARNsources, con il tuo input.

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2                    

Riceverai la seguente risposta con informazioni sull'archivio della sequenza di origine e sul bucket Amazon S3 di destinazione.

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}                    

Dopo l'avvio del processo, puoi determinarne lo stato utilizzando l'operazione API get-read-set-export-job, come illustrato di seguito. Sostituisci sequence store ID e job ID con il tuo Sequence Store ID e Job ID, rispettivamente.

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

È possibile visualizzare tutti i lavori di esportazione inizializzati per un archivio di sequenze utilizzando l'operazione API list-read-set-export-jobs, come illustrato di seguito. Sostituisci il sequence store ID con il tuo Sequence Store ID.

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.

{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}        

Oltre a esportare i set di lettura, puoi anche condividerli utilizzando l'accesso Amazon URIs S3. Per ulteriori informazioni, consulta Accesso ai set di HealthOmics lettura con Amazon S3 URIs.