Acceleratori di attività in un HealthOmics definizione del flusso di lavoro

Nella definizione del flusso di lavoro, è possibile specificare facoltativamente le specifiche dell'acceleratore GPU per un'attività. HealthOmics supporta i seguenti valori accelerator-spec, insieme ai tipi di istanza supportati:

Specifiche dell'acceleratore	Tipi di istanze Healthomics
nvidia-tesla-t4	G4
nvidia-tesla-t4-a10g	G4 e G5
nvidia-tesla-a10g	G5
nvidia-t4-a10g-l4	G4, G5 e G6
nvidia-l4-a10g	G5 e G6
nvidia-l4	G6
nvidia-l40s	G6e

Se si specifica un tipo di acceleratore che supporta più tipi di istanza, HealthOmics seleziona il tipo di istanza in base alla capacità disponibile. Se entrambi i tipi di istanza sono disponibili, HealthOmics dà la preferenza all'istanza a basso costo. L'eccezione è rappresentata dal task accelerator nvidia-t4-a10g-l4 che dà la preferenza all'istanza disponibile di ultima generazione.

Per informazioni dettagliate sui tipi di istanza, vedere Accelerated-computing istanze.

Nell'esempio seguente, la definizione del flusso di lavoro specifica nvidia-l4 come acceleratore:

WDL

task my_task {
 runtime {
    ...
    acceleratorCount: 1
    acceleratorType: "nvidia-l4"
 }
 ...
}          

NextFlow

process my_task {
 ...
 accelerator 1, type: "nvidia-l4"
 ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
  ...
  cwltool:CUDARequirement:
      cudaDeviceCountMin: 1
      cudaComputeCapability: "nvidia-l4"
      cudaVersionMin: "1.0"
          

Configurazione avanzata delle risorse

Puoi anche configurare un'attività per prenotare più acceleratori nell'ordine di priorità che preferisci utilizzando omicsResourceFallbackOrder direttiva. Questa direttiva è disponibile per WDL e Nextflow. HealthOmics prova ogni profilo di acceleratore nell'ordine definito fino a ottenere un risultato positivo, incluso un profilo CPU finale opzionale.

Ciò è utile nei seguenti scenari:

• Fallback da GPU a GPU — Elenca i tipi di GPU in ordine di priorità (ad esempio, prova nvidia-l40s prima, poi torna a nvidia-l4).

• Ripiego da GPU a CPU — Aggiungi una finale CPU-only profilo in modo che l'attività venga completata anche quando non è disponibile alcuna capacità GPU nella regione.

Per tutti i dettagli su omicsResourceFallbackOrder, inclusi riferimenti ai campi per profilo, regole di convalida ed esempi completi di WDL e Nextflow, vedi Configurazione avanzata delle risorse.