Risorse delle attività in una definizione del flusso di lavoro HealthOmics

Nella definizione del flusso di lavoro, definisci quanto segue per ogni attività:

• L'immagine del contenitore per l'attività. Per ulteriori informazioni, consulta Immagini di container per flussi di lavoro privati.

• Il numero di CPU e memoria necessarie per l'operazione. Per ulteriori informazioni, consulta Requisiti di calcolo e memoria per le attività HealthOmics.

• Lo spazio di archiviazione temporaneo opzionale per attività che l'attività può utilizzare /tmp quando è abilitata per l'esecuzione. Per ulteriori informazioni, consulta Archiviazione temporanea per le attività del flusso di lavoro HealthOmics.

HealthOmics fornisce una memoria di esecuzione a cui possono accedere tutte le attività in esecuzione. Per ulteriori informazioni, consulta Esegui tipi di storage nei flussi HealthOmics di lavoro.

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
      disks: "100 GiB"                 # optional
   }
   ...
}          

Per un flusso di lavoro WDL, HealthOmics tenta fino a due tentativi per un'operazione che ha esito negativo a causa di errori di servizio (la richiesta API restituisce un codice di stato HTTP 5XX). Per ulteriori informazioni sui nuovi tentativi di attività, vedere. Ritentativi di attività

È possibile disattivare il comportamento dei tentativi specificando la seguente configurazione per l'operazione nel file di definizione WDL:

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   disk '100 GB'                       // optional
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes
        tmpdirMin: 102400 # 100 gibibytes expressed in mebibytes