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Contenuto di una cache di esecuzione
HealthOmics organizza la cache di esecuzione con la seguente struttura nel bucket S3:
s3://{cache.S3location}/{cache.uuid}/runID/taskID/{cacheentry.uuid}/
Il cache.uuid è l'id univoco globale per la cache. Il cacheentry.uuid è l'uuid unico a livello globale per un'operazione memorizzata nella cache. HealthOmics assegna gli uuid alle cache e alle attività.
Per tutti i motori di workflow, la cache contiene i seguenti file:
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Il {cacheentryuuid}.json file: HealthOmics crea questo file manifesto, che contiene informazioni sulla cache, incluso un elenco di tutti gli elementi presenti nella cache e la versione della cache.
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File di output delle attività: l'output di ogni attività è costituito da uno o più file, come definito dall'attività.
Per un flusso di lavoro che utilizza Nextflow, il motore Nextflow crea questi file aggiuntivi nella cache:
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Il command.out file: questo file contiene il contenuto dello stdout per l'esecuzione dell'attività.
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Il .exitcode file: questo file contiene il codice di uscita dell'attività (un numero intero).
Nota
Se desideri accedere ai file di attività intermedi nella cache di esecuzione per una risoluzione avanzata dei problemi, dichiara questi file come output delle attività nella definizione del flusso di lavoro.
