Funzionalità di memorizzazione nella cache specifiche del motore

HealthOmics cerca di fornire un'implementazione coerente della memorizzazione nella cache delle chiamate nei motori di flusso di lavoro. Esistono alcune differenze in base al modo in cui ogni motore di workflow gestisce casi specifici:

• Nextflow

  • La memorizzazione nella cache tra diverse versioni di Nextflow non è garantita. Ad esempio, se esegui un'attività nella v23.10.0 e successivamente esegui la stessa attività nella v24.10.8, HealthOmics potresti considerare la seconda esecuzione come un errore nella cache.

  • È possibile disattivare la memorizzazione nella cache per singole attività utilizzando la direttiva cache. false Per informazioni su questa direttiva, consulta la specifica Processi nella specifica Nextflow.

  • HealthOmics utilizza la modalità clemente di Nextflow, ma non supporta la modalità deep caching.

  • La memorizzazione nella cache valuta ogni singolo oggetto S3 se si utilizza un pattern a glob nel percorso S3 degli input per un'attività. Se aggiungi un nuovo oggetto, HealthOmics ricalcola solo le attività che utilizzano il nuovo oggetto.

  • HealthOmics non memorizza nella cache i nuovi tentativi di attività. Questo comportamento è coerente con il comportamento predefinito di Nextflow.

• WDL

  • HealthOmics supporta il nuovo tipo di «directory» per gli input quando si utilizza la versione di sviluppo del flusso di lavoro WDL. Per la memorizzazione nella cache delle chiamate, se un oggetto nella directory cambia, HealthOmics ricalcola tutte le attività che entrano nella directory.

  • HealthOmics supporta la memorizzazione nella cache a livello di attività, ma non la memorizzazione nella cache a livello di flusso di lavoro.

• CWL

  • I risultati costanti delle attività non sono esplicitamente visibili nei manifesti. HealthOmics memorizza nella cache gli output costanti come file intermedi.