Stampanti per flussi di lavoro in HealthOmics

Dopo aver creato un flusso di lavoro, ti consigliamo di eseguire un linter sul flusso di lavoro prima di iniziare la prima esecuzione. Il linter rileva gli errori che possono causare il fallimento dell'esecuzione.

Per WDL, esegue HealthOmics automaticamente un linter quando si crea il flusso di lavoro. L'output del linter è disponibile nel statusMessage campo della risposta. get-workflow Utilizzate il seguente comando CLI per recuperare l'output di stato (utilizzate l'ID del flusso di lavoro WDL che avete creato):

aws omics get-workflow 
   —id 123456 
   —query 'statusMessage' 

HealthOmics fornisce linter che è possibile eseguire sulla definizione del flusso di lavoro prima di creare il flusso di lavoro. Esegui questi linter sulle pipeline esistenti verso cui stai migrando. HealthOmics

• WDL— Un'immagine Amazon ECR pubblica per eseguire un linter WDL.

• Nextflow— Un'immagine Amazon ECR pubblica per eseguire le regole Linter per Nextflow. Puoi accedere al codice sorgente di questo linter da. GitHub

• CWL— non disponibile