Crea una versione del flusso di lavoro

Quando si crea una nuova versione di un flusso di lavoro, è necessario specificare i valori di configurazione per la nuova versione. Non eredita alcun valore di configurazione dal flusso di lavoro.

Quando crei la versione, fornisci un nome di versione univoco per questo flusso di lavoro. Non è possibile modificare il nome dopo HealthOmics crea la versione.

Il nome della versione deve iniziare con una lettera o un numero e può includere lettere maiuscole e minuscole, numeri, trattini, punti e caratteri di sottolineatura. La lunghezza massima è di 64 caratteri. Ad esempio, è possibile utilizzare un semplice schema di denominazione, come version1, version2, version3. È inoltre possibile abbinare le versioni del flusso di lavoro alle proprie convenzioni interne di controllo delle versioni, ad esempio 2.7.0, 2.7.1, 2.7.2.

Facoltativamente, utilizza il campo di descrizione della versione per aggiungere note su questa versione. Ad esempio: Fix for syntax error in workflow definition.

Nota

Non includere informazioni di identificazione personale (PII) nel nome della versione. I nomi delle versioni vengono visualizzati nella versione ARN del flusso di lavoro.

HealthOmics assegna un ARN univoco alla versione del flusso di lavoro. L'ARN è univoco in base alla combinazione dell'ID del flusso di lavoro e del nome della versione.

avvertimento

Dopo aver eliminato una versione del flusso di lavoro, HealthOmics consente di riutilizzare il nome della versione per una versione diversa del flusso di lavoro. È consigliabile non riutilizzare i nomi delle versioni. Se riutilizzi un nome, il flusso di lavoro e ogni versione hanno un UUID univoco che puoi utilizzare come provenienza.

Crea una versione del flusso di lavoro utilizzando la console

Passaggi per creare una versione del flusso di lavoro

1. Apri la console HealthOmics .

2. Se necessario, apri il pannello di navigazione a sinistra (≡). Scegli Flussi di lavoro privati.

3. Sul Flussi di lavoro privati pagina, scegli il flusso di lavoro per la nuova versione.

4. Nella Dettagli del flusso di lavoro pagina, scegli Crea una nuova versione.

5. Sul Crea versione pagina, fornisci le seguenti informazioni:

   1. Nome della versione: inserisci un nome per la versione del flusso di lavoro che sia univoco in tutto il flusso di lavoro.

   2. Descrizione della versione (opzionale): puoi utilizzare il campo della descrizione per aggiungere note su questa versione.

6. Nel Definizione del workflow pannello, fornisce le seguenti informazioni:

   1. lingua del flusso di lavoro (opzionale): seleziona la lingua delle specifiche per la versione del flusso di lavoro. Altrimenti, HealthOmics determina la lingua in base alla definizione del flusso di lavoro.

   2. Per Fonte di definizione del flusso di lavoro, scegli di importare la cartella delle definizioni da un Git-based repository, una posizione Amazon S3 o da un'unità locale.

      1. Per Importazione da un servizio di repository:

         Nota

         HealthOmics supporta archivi pubblici e privati per GitHub, GitLab, Bitbucket, GitHub self-managed, GitLab self-managed.

         1. Scegli un Connessione per connettere il tuo AWS risorse al repository esterno. Per creare una connessione, vedi Connettiti con archivi di codice esterni.

            Nota

            Clienti in TLV la regione deve creare una connessione in IAD (us-east-1) regione in cui creare un flusso di lavoro.

         2. Nella ID completo del repository, inserisci l'ID del tuo repository come utente-name/repo-nome. Verifica di avere accesso ai file in questo repository.

         3. In Riferimento alla fonte (opzionale), inserisci un riferimento alla fonte del repository (branch, tag o commit ID). HealthOmics utilizza il ramo predefinito se non viene specificato alcun riferimento alla fonte.

         4. In Escludere modelli di file, inserisci i modelli di file per escludere cartelle, file o estensioni specifici. Questo aiuta a gestire le dimensioni dei dati durante l'importazione dei file del repository. Esistono un massimo di 50 schemi e gli schemi devono seguire sintassi glob pattern. Ad esempio:

            1. tests/

            2. *.jpeg

            3. large_data.zip

      2. Per Seleziona la cartella delle definizioni da S3:

         1. Inserisci la posizione Amazon S3 che contiene la cartella di definizione del flusso di lavoro compressa. Il bucket Amazon S3 deve trovarsi nella stessa regione del flusso di lavoro.

         2. Se il tuo account non è proprietario del bucket Amazon S3, inserisci quello del proprietario del bucket AWS ID dell'account nel ID dell'account del proprietario del bucket S3. Queste informazioni sono necessarie affinché HealthOmics può verificare la proprietà del bucket.

      3. Per Seleziona la cartella delle definizioni da una fonte locale:

         1. Inserisci la posizione dell'unità locale della cartella di definizione del flusso di lavoro compressa.

   3. Percorso principale del file di definizione del flusso di lavoro (opzionale): immettere il percorso del file dalla cartella o dal repository di definizione del flusso di lavoro compresso al main file. Questo parametro non è obbligatorio se è presente un solo file nella cartella di definizione del flusso di lavoro o se il file principale è denominato «main».

7. Nel file README pannello (opzionale), seleziona il Fonte del file README e fornire le seguenti informazioni:

   • Per Importazione da un servizio di repository, nel percorso del file README, inserisci il percorso del file README all'interno del repository.

   • Per Seleziona un file da S3, nel file README in S3, inserisci l'URI Amazon S3 per il file README.

   • Per Seleziona il file da una fonte locale: nel README - opzionale, scegli Scegli un file per selezionare il file markdown (.md) da caricare.

8. Nel Configurazione di archiviazione di esecuzione predefinita pannello, fornisce il tipo di archiviazione e la capacità di esecuzione predefiniti per le esecuzioni che utilizzano questo flusso di lavoro:

   1. Tipo di archiviazione in esecuzione: scegli se utilizzare l'archiviazione statica o dinamica come impostazione predefinita per l'archiviazione temporanea in esecuzione. L'impostazione predefinita è l'archiviazione statica.

   2. Esegui la capacità di archiviazione (opzionale): per il tipo di archiviazione in esecuzione statica, è possibile immettere la quantità predefinita di archiviazione in esecuzione richiesta per questo flusso di lavoro. Il valore predefinito per questo parametro è 1200 GiB. È possibile sovrascrivere questi valori predefiniti quando si avvia una corsa.

9. Tag (opzionale): puoi associare fino a 50 tag a questa versione del flusso di lavoro.

10. Scegli Avanti.

11. Sul Aggiungere i parametri del flusso di lavoro pagina (opzionale), seleziona Fonte dei parametri:

    1. Per Analizza dal file di definizione del flusso di lavoro, HealthOmics analizzerà automaticamente i parametri del flusso di lavoro dal file di definizione del flusso di lavoro.

    2. Per Fornisci un modello di parametro dal repository Git, usa il percorso del file del modello di parametro dal tuo repository.

    3. Per Seleziona il file JSON dalla fonte locale, carica un JSON file da una fonte locale che specifica i parametri.

    4. Per Inserisci manualmente i parametri del flusso di lavoro, immettete manualmente i nomi e le descrizioni dei parametri.

12. Nel Anteprima dei parametri pannello, è possibile rivedere o modificare i parametri per questa versione del flusso di lavoro. Se ripristini il JSON perderai tutte le modifiche locali apportate.

13. Sul Rimappatura dell'URI del contenitore pagina, nella Regole di mappatura pannello, puoi definire le regole di mappatura URI per il tuo flusso di lavoro.

    Per Fonte del file di mappatura, seleziona una delle seguenti opzioni:

    • Nessuna — Non sono richieste regole di mappatura.

    • Seleziona il file JSON da S3 — Specificare la posizione S3 per il file di mappatura.

    • Seleziona il file JSON da una fonte locale — Specifica la posizione del file di mappatura sul tuo dispositivo locale.

    • Inserisci manualmente le mappature — inserire le mappature del registro e le mappature delle immagini nel mappature pannello.

14. La console visualizza il Mappature pannello. Se hai scelto un file sorgente di mappatura, la console visualizza i valori del file.

    1. In Mappature del registro, è possibile modificare le mappature o aggiungere mappature (massimo 20 mappature del registro).

       Ogni mappatura del registro contiene i seguenti campi:

       • URL del registro upstream — L'URI del registro upstream.

       • Prefisso del repository ECR — Il prefisso del repository da utilizzare nel repository privato Amazon ECR.

       • (Facoltativo) Prefisso del repository upstream — Il prefisso del repository nel registro upstream.

       • (Facoltativo) ID dell'account ECR — ID dell'account che possiede l'immagine originale del contenitore.

       • (Facoltativo) ARN delle credenziali — L'ARN del segreto di Secrets Manager che contiene le credenziali per il registro. Richiesto per i registri che Amazon ECR estrae dalla cache non supporta, come Seqera, NVIDIA NGC, Google Artifact Registry e Google Container Registry. Per ulteriori informazioni, consulta Utilizzo di registri di terze parti non supportati dalla cache pull through.

    2. Nel Mappature delle immagini, è possibile modificare le mappature delle immagini o aggiungere mappature (massimo 100 mappature di immagini).

       Ogni mappatura delle immagini contiene i seguenti campi:

       • Immagine di origine — Specifica l'URI dell'immagine sorgente nel registro upstream.

       • Immagine di destinazione — Specifica l'URI dell'immagine corrispondente nel registro privato Amazon ECR.

15. Scegli Avanti.

16. Rivedi la configurazione della versione, quindi scegli Crea una versione.

Quando viene creata la versione, la console torna alla pagina dei dettagli del flusso di lavoro e visualizza la nuova versione nel file Flussi di lavoro e versioni tabella.

Crea una versione del flusso di lavoro utilizzando la CLI

È possibile creare una versione del flusso di lavoro utilizzando CreateWorkflowVersion Funzionamento API. Per i parametri opzionali, HealthOmics utilizza i seguenti valori predefiniti:

Parametro	Predefinita
Motore	Determinato dalla definizione del flusso di lavoro
Storage Type (Tipo di storage)	STATIC
Capacità di archiviazione (per l'archiviazione statica)	1200 GiB
Principale	Determinato in base al contenuto della cartella di definizione del flusso di lavoro. Per informazioni dettagliate, vedi HealthOmics requisiti di definizione del flusso di lavoro.
Acceleratori	nessuno
Tag	nessuno

Il seguente esempio CLI crea una versione del flusso di lavoro con archiviazione statica come archiviazione di esecuzione predefinita:

aws omics create-workflow-version \
--workflow-id 1234567  \
--version-name "my_version" \
--engine WDL \
--definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
--description "my version description" \
--main file://workflow-params.json \
--parameter-template file://workflow-params.json \
--storage-type='STATIC'   \
--storage-capacity 1200   \
--tags example123=string  \
--accelerators GPU

Se il file di definizione del flusso di lavoro si trova in una cartella Amazon S3, inserisci la posizione utilizzando il definition-uri parametro invece di definition-zip. Per ulteriori informazioni, vedere CreateWorkflowVersion in AWS HealthOmics Riferimento API.

Riceverai la seguente risposta al create-workflow-version richiesta.

{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "my_version",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3",
  "status": "ACTIVE",
  "tags": {
    "environment": "production",
    "owner": "team-alpha"
  },
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}   

Crea una versione del flusso di lavoro utilizzando un SDK

Puoi creare un flusso di lavoro utilizzando uno degli SDK.

L'esempio seguente mostra come creare una versione del flusso di lavoro utilizzando Python SDK

import boto3

omics = boto3.client('omics')

with open('definition.zip', 'rb') as f:
   definition = f.read()

response = omics.create_workflow_version(
   workflowId='1234567',
   versionName='my_version',
   requestId='my_request_1'
   definitionZip=definition,
   parameterTemplate={ ... }
)     

Verifica lo stato di una versione del flusso di lavoro

Dopo aver creato la versione del flusso di lavoro, è possibile verificarne lo stato e visualizzare altri dettagli utilizzando get-workflow-version, come mostrato.

aws omics get-workflow-version 
--workflow-id 9876543
--version-name "my_version"

La risposta fornisce i dettagli del flusso di lavoro, incluso lo stato, come mostrato.

{
  "workflowId": "1234567",
  "versionName": "3.0.0",
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567/version/3.0.0",
  "status": "ACTIVE",
  "description": ...
  "uuid": "0ac9a563-355c-fc7a-1b47-a115167af8a2"
}   

Prima di poter iniziare un'esecuzione con questa versione del flusso di lavoro, lo stato deve passare a ACTIVE.