Esegui un processo a nodo singolo in AWS PCS

Per eseguire un lavoro utilizzando Slurm, si prepara uno script di invio che specifica i requisiti del lavoro e lo si invia a una coda con il comando. sbatch In genere, questa operazione viene eseguita da una directory condivisa in modo che i nodi di accesso e di calcolo abbiano uno spazio comune per l'accesso ai file.

Connect al nodo di login del cluster ed esegui i seguenti comandi al prompt della shell.

• Diventa l'utente predefinito. Passa alla directory condivisa.

  sudo su - ec2-user
  cd /shared

• Utilizzate i seguenti comandi per creare uno script di lavoro di esempio:

  cat << EOF > job.sh
  #!/bin/bash
  #SBATCH -J single
  #SBATCH -o single.%j.out
  #SBATCH -e single.%j.err
  
  echo "This is job \${SLURM_JOB_NAME} [\${SLURM_JOB_ID}] running on \${SLURMD_NODENAME}, submitted from \${SLURM_SUBMIT_HOST}" && sleep 60 && echo "Job complete"
  EOF

• Invia lo script di lavoro allo scheduler Slurm:

  sbatch -p demo job.sh

• Quando il lavoro viene inviato, restituirà un ID del lavoro come numero. Usa quell'ID per controllare lo stato del lavoro. Replace (Sostituisci) job-id nel comando seguente con il numero restituito dasbatch.

  squeue --job job-id

  squeue --job 1

  Il squeue comando restituisce un output simile al seguente:

  JOBID PARTITION NAME USER     ST TIME NODES NODELIST(REASON)
  1     demo      test ec2-user CF 0:47 1     compute-1

• Continuare a controllare lo stato del processo finché non raggiunge lo stato R (in esecuzione). Il lavoro è terminato quando squeue non restituisce nulla.

• Ispeziona il contenuto della /shared directory.

  ls -alth /shared

  L'output del comando è simile al seguente:

  -rw-rw-r- 1 ec2-user ec2-user 107 Mar 19 18:33 single.1.out
  -rw-rw-r- 1 ec2-user ec2-user 0 Mar 19 18:32 single.1.err
  -rw-rw-r- 1 ec2-user ec2-user 381 Mar 19 18:29 job.sh

  I file single.1.err denominati single.1.out e scritti da uno dei nodi di calcolo del cluster. Poiché il processo è stato eseguito in una directory condivisa (/shared), sono disponibili anche nel nodo di accesso. Questo è il motivo per cui hai configurato un file system FSx for Lustre per questo cluster.

• Ispeziona il contenuto del single.1.out file.

  cat /shared/single.1.out

  L'output è simile a quello riportato di seguito:

  This is job test [1] running on compute-1, submitted from ip-10-3-13-181
  Job complete