HealthOmics での読み取りセットのアクティブ化 - AWS HealthOmics

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HealthOmics での読み取りセットのアクティブ化

次の例 AWS CLIに示すように、start-read-set-activation-job API オペレーションまたは を使用してアーカイブされた読み取りセットをアクティブ化できます。sequence store ID と をシーケンスストア ID とリードセット ID read set idに置き換えます。 IDs 

aws omics start-read-set-activation-job 
     --sequence-store-id sequence store ID \
     --sources readSetId=read set ID readSetId=read set id_1 read set id_2

次に示すように、アクティベーションジョブ情報を含むレスポンスを受け取ります。

{
    "id": "12345678",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED",
    "creationTime": "2022-10-22T00:50:54.670000+00:00"
}

アクティベーションジョブが開始されたら、get-read-set-activation-job API オペレーションを使用して進行状況をモニタリングできます。以下は、 を使用してアクティベーションジョブのステータス AWS CLI を確認する方法の例です。job ID と をそれぞれシーケンスストア ID とジョブ IDs sequence store IDに置き換えます。

aws omics get-read-set-activation-job --id job ID --sequence-store-id sequence store ID

レスポンスは、次に示すように、アクティベーションジョブを要約します。

{
    "id": 123567890,
    "sequenceStoreId": 123467890,
    "status": "SUBMITTED",
    "statusUpdateReason": "The job is submitted and will start soon.",
    "creationTime": "2022-10-22T00:50:54.670000+00:00",
    "sources": [
        {
            "readSetId": <reads set id_1>,
            "status": "NOT_STARTED",
            "statusUpdateReason": "The source is queued for the job."
        },
        {
            "readSetId": <read set id_2>,
            "status": "NOT_STARTED",
            "statusUpdateReason": "The source is queued for the job."
        }
    ]
}

getget-read-set-metadataオペレーションを使用して、アクティベーションジョブのステータスを確認できます。可能なステータスは、ACTIVE、ACTIVATING、および ですARCHIVED。次の例では、 をシーケンスストア ID sequence store IDに置き換え、 を読み取りセット ID read set ID に置き換えます。

aws omics get-read-set-metadata --sequence-store-id sequence store ID --id read set ID

次のレスポンスは、読み取りセットがアクティブであることを示しています。

{
    "id": "12345678",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:sequenceStore/1234567890/readSet/12345678",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "subjectId": "mySubject",
    "sampleId": "mySample",
    "status": "ACTIVE",
    "name": "HG00100",
    "description": "HG00100 aligned to HG38 BAM",
    "fileType": "BAM",
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "sequenceInformation": {
        "totalReadCount": 1513467,
        "totalBaseCount": 163454436,
        "generatedFrom": "Pulled from SRA",
        "alignment": "ALIGNED"
    },
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/0123456789/reference/0000000001",
    "files": {
        "source1": {
            "totalParts": 2,
            "partSize":  10485760,
            "contentLength": 17112283,
            "s3Access": {
        "s3Uri": "s3://accountID-sequence store ID-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/readSet/9515444019/import_source1.fastq.gz"
},
         },
        "index": {
            "totalParts": 1,
            "partSize": 53216,
            "contentLength": 10485760
            "s3Access": {
        "s3Uri": "s3://accountID-sequence store ID-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/readSet/9515444019/import_source1.fastq.gz"
},
        }
    },
    "creationType": "IMPORT",
    "etag": {
        "algorithm": "BAM_MD5up",
        "source1": "d1d65429212d61d115bb19f510d4bd02"
    }
}

次の例に示すように、list-read-set-activation-jobs を使用してすべてのリードセットアクティベーションジョブを表示できます。次の例では、 をシーケンスストア ID sequence store ID に置き換えます。

aws omics list-read-set-activation-jobs --sequence-store-id sequence store ID

次のレスポンスが表示されます。

{
    "activationJobs": [
        {
            "id": 1234657890,
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED",
            "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
            "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
        }
    ]
}