ワークフロー定義からゲノムファイルを参照する

HealthOmics リファレンスストアオブジェクトは、次のような URI で参照できます。指定されたreference ID場合は、独自の account ID、reference store ID、および を使用します。

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id            

ワークフローによっては、参照ゲノムの ファイルSOURCEと INDEX ファイルの両方が必要になります。前の URI はデフォルトの短縮形式であり、デフォルトで SOURCE ファイルになります。いずれかのファイルを指定するには、次のように長い URI フォームを使用できます。

omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/source
omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/reference store id/reference/id/index

シーケンス読み取りセットを使用すると、図のように同様のパターンになります。

aws omics create-workflow \
     --name workflow name \
     --main sample workflow.wdl \
     --definition-uri omics://account ID.storage.us-west-2.amazonaws.com/sequence_store_id/readSet/id \
     --parameter-template file://parameters_sample_description.json 

FASTQ に基づくリードセットなど、一部のリードセットにはペアのリードを含めることができます。次の例では、SOURCE1 と SOURCE2 と呼ばれます。BAM や CRAM などの形式には SOURCE1 ファイルのみが含まれます。一部のリードセットには、 baiや ファイルなどの INDEX crai ファイルが含まれます。前述の URI はデフォルトの短縮形式であり、デフォルトで SOURCE1 ファイルになります。正確なファイルまたはインデックスを指定するには、次のように長い URI フォームを使用できます。

omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index

以下は、2 つの Omics Storage URIs。

{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}   

開始/実行リクエスト--inputs file://<input_file.json>に を追加して AWS CLI 、 の入力 JSON ファイルを参照します。