HealthOmics ワークフロー定義のタスクアクセラレーター

ワークフロー定義では、オプションでタスクの GPU アクセラレーター仕様を指定できます。HealthOmics は、サポートされているインスタンスタイプとともに、次のアクセラレーター仕様の値をサポートしています。

アクセラレーターの仕様	Healthomics インスタンスタイプ
nvidia-tesla-t4	G4
nvidia-tesla-t4-a10g	G4 と G5
nvidia-tesla-a10g	G5
nvidia-t4-a10g-l4	G4、G5、G6
nvidia-l4-a10g	G5 と G6
nvidia-l4	G6
nvidia-l40s	G6e

複数のインスタンスタイプをサポートするアクセラレータータイプを指定すると、HealthOmics は使用可能な容量に基づいてインスタンスタイプを選択します。両方のインスタンスタイプが使用可能な場合、HealthOmics は低コストのインスタンスを優先します。ただし、使用可能な最新世代のインスタンスを優先する nvidia-t4-a10g-l4 タスクアクセラレーターは例外です。

インスタンスタイプの詳細については、「」を参照してください高速コンピューティングインスタンス。

次の例では、ワークフロー定義で をアクセラレーターnvidia-l4として指定します。

WDL

task my_task {
 runtime {
    ...
    acceleratorCount: 1
    acceleratorType: "nvidia-l4"
 }
 ...
}          

NextFlow

process my_task {
 ...
 accelerator 1, type: "nvidia-l4"
 ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
  ...
  cwltool:CUDARequirement:
      cudaDeviceCountMin: 1
      cudaComputeCapability: "nvidia-l4"
      cudaVersionMin: "1.0"
          

高度なリソース設定

omicsResourceFallbackOrder ディレクティブを使用して、優先優先順位で複数のアクセラレーターを予約するようにタスクを設定することもできます。このディレクティブは現在、WDL でのみ使用できます。HealthOmics は、オプションの最終 CPU プロファイルを含め、各アクセラレータプロファイルが成功するまで定義を試行します。

これは、以下のシナリオで役立ちます。

• GPU から GPU へのフォールバック – GPU タイプを優先順位で一覧表示します (たとえば、nvidia-l40s最初に試してから にフォールバックしますnvidia-l4)。

• GPU から CPU へのフォールバック – リージョンで GPU 容量が利用できない場合でもタスクが完了するように、最終的な CPU 専用プロファイルを追加します。

プロファイルごとのフィールドリファレンスomicsResourceFallbackOrder、検証ルール、完全な WDL の例など、 の詳細については、「」を参照してください高度なリソース設定。