HealthOmics ワークフロー定義のタスクリソース

ワークフロー定義で、タスクごとに以下を定義します。

• タスクのコンテナイメージ。詳細については、「プライベートワークフロー用の Amazon ECR のコンテナイメージ」を参照してください。

• タスクに必要な CPUs とメモリの数。詳細については、「HealthOmics タスクのコンピューティングとメモリの要件」を参照してください。

HealthOmics は、タスクごとのストレージ仕様を無視します。HealthOmics は、実行内のすべてのタスクがアクセスできる実行ストレージを提供します。詳細については、「HealthOmics ワークフローでストレージタイプを実行する」を参照してください。

WDL

task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
   }
   ...
}          

WDL ワークフローの場合、HealthOmics はサービスエラーのために失敗したタスクに対して最大 2 回の再試行を試みます (API リクエストは 5XX HTTP ステータスコードを返します）。タスクの再試行の詳細については、「」を参照してくださいタスクの再試行。

WDL 定義ファイルでタスクに次の設定を指定することで、再試行動作をオプトアウトできます。

runtime {
   preemptible: 0
}           

NextFlow

process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes