実行キャッシュの内容 - AWS HealthOmics

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実行キャッシュの内容

HealthOmics は、S3 バケット内の次の構造で実行キャッシュを整理します。

s3://{cache.S3location}/{cache.uuid}/runID/taskID/{cacheentry.uuid}/

cache.uuid は、キャッシュのグローバルに一意の ID です。cacheentry.uuid は、キャッシュされたタスクのグローバルに一意の uuid です。HealthOmics は uuid をキャッシュとタスクに割り当てます。

すべてのワークフローエンジンについて、キャッシュには次のファイルが含まれます。

  • {cacheentryuuid}.json ファイル – HealthOmics はこのマニフェストファイルを作成します。このマニフェストファイルには、キャッシュ内のすべての項目のリストやキャッシュバージョンなど、キャッシュに関する情報が含まれています。

  • タスク出力ファイル – 各タスク出力は、タスクで定義された 1 つ以上のファイルで構成されます。

Nextflow を使用するワークフローの場合、Nextflow エンジンはこれらの追加ファイルをキャッシュに作成します。

  • command.out ファイル – このファイルには、タスク実行の stdout コンテンツが含まれています。

  • .exitcode ファイル – このファイルには、タスク終了コード (整数) が含まれています。

注記

高度なトラブルシューティングのために実行キャッシュ内の中間タスクファイルにアクセスする場合は、ワークフロー定義でこれらのファイルをタスク出力として宣言します。